[問題] 請教unifrac

[jenny0724 (zz)]

各位大大好, 因為小的正在研究關於unifrac
有些疑問, 想請教板上大大...

由原文(UniFrac: a New Phylogenetic Method for Comparing Microbial Communities)
提到的先建立phylogenetic tree然後根據這個tree, 兩兩communities取出
再去計算shared&unshared的branch length就可以得到unifrac value

因為小的資質努頓, 不太能理解文中的branch length是如何得到的?

還請各位前輩提點, 謝謝!

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※ 文章網址: http://www.ptt.cc/bbs/BioMedInfo/M.1395820268.A.0C0.html
→ gsuper:兩個不同的 16s rRNA seq , 比較他們的 similarity
→ gsuper:越相近者,就代表演化距離越相近,原因在於16s rRNA突變率低
→ gsuper:假設取了 N 隻細菌的序列 , 就可計算出 similarity matrix
→ gsuper:with NxN space size
→ gsuper:懶得講了 總之branch length 差不多就是aligment score
→ gsuper:或是你自定義的 similarity 計算方式
→ gsuper:兩者的差異在於要不要突顯出 deletion 與 insertion 的罰分