作者shujuli (lucia)
看板BioMedInfo
標題[問題] 利用SRA資料庫預測siRNA位置
時間Thu Apr 24 15:55:18 2014
各位生資高手們！小妹有問題，老闆要我利用NCBI上SRA的資料庫（GSO number GSE42966），利用基因序列 ( accession X14591) 做blast預測siRNA並製作下網址paper的圖，但我對這根本不了解，比對資料庫只會跑出35nt的平均序列，我要的21nt序列為何比對不到呢？參數設定也沒看到長度選項@@
最終得到序列後就是要製圖，請問這篇paper的Fig. 5要用什麼軟體製作呢？
http://www.biomedcentral.com/content/pdf/1471-2164-14-63.pdf
麻煩各位解答，感激不敬！
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推 gsuper:笑死我了 你看看你最後一個字 自稱小妹 更頗呵 04/26 23:58
→ shujuli:親愛的gsuper，哈笑完了可以幫幫我解決問題嗎？感謝^^ 04/27 01:43
推 hajimels:siRNA 21nt大概就是miRNA那樣的長度 這是mature form 04/28 12:50
→ hajimels:你說的Accession Number我找不到東西 04/28 12:52
推 hajimels:我剛才無聊隨便拿一個miRNA mature form sequence 04/28 12:55
→ hajimels:用blastn對 有釣出該miRNA的precursor阿 04/28 12:56
→ hajimels:我想你釣出的序列可能是precursor form吧 04/28 12:57