[討論] Torrent Suite 5.18開源軟體安裝與執行

[keroromoa (說再多也只為保護自己)]

最近在比較不同的 Torrent Suite 版本

在大約15~30bp的insertion/deletion/deletion-insertion variant calling狀況，

Thermo在github有釋出 Torrent Suite 開源版本

https://github.com/iontorrent/TS/tree/master#readme-ov-file

但不論環境是否直接在伺服器上操作或使用Docker環境，

在安裝和操作看起來都要透過 http://updates.iontorrent.com

去下載安裝和執行需要的相關dependency，

但這個網站已經掛很久了，看biostar的討論似乎掛了好幾年，

也沒有找到替代的解決方法

想請問是否有板友有使用過 Torrent Suite 開源版本，

在遇到iontorrent update網站掛掉的狀況，

有找到替代的方式去抓到這些dependency，或是用替代的方式執行variant calling嗎

補充一下是想要拿bam file來做TVC stand-alone variant calling

謝謝各位協助~

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