推 nightcatman:我並不是針對這篇新聞,而是針對kaikai1112的推文回的 04/17 02:40
→ nightcatman:這篇文是拿暴龍蛋白去打MS的,沒有DNA可比對,但這不代 04/17 02:42
→ nightcatman:表kaikai1112所說"有了氨基酸序列就不用再做DNA比對" 04/17 02:43
→ nightcatman:是正確的,在標準的基因體分析程序裏,兩種比對都要做過 04/17 02:44
→ nightcatman:才能確認結果的可信度 04/17 02:46
→ nightcatman:所以...你回文不要把kaikai1112的推文刪掉,這樣會誤導 04/17 02:48
→ nightcatman:就像某些記者常犯的一樣... 04/17 02:49
※ 編輯: xanthomonas 來自: 218.163.121.229 (04/17 02:55)
→ xanthomonas:把那位kaikai1112的推文已經補回 04/17 02:56
※ 編輯: xanthomonas 來自: 218.163.121.229 (04/17 02:58)
推 kaikai1112:所以呢 nightcatman 大 你想強調的是啥 04/17 08:16
→ nightcatman:我想強調的在前面講得很清楚了,你學的是課堂上的死知 04/17 09:09
→ nightcatman:識,很明顯你沒參與過基因體分析計畫,所以不知道實務上 04/17 09:11
→ nightcatman:要交互參考aa和nt的比對來得到可信的結論 04/17 09:12
推 kaikai1112:我的回文和回信 很清楚了 自己去看 04/17 09:17
→ kaikai1112:我可從來沒說 "有了氨基酸序列就不用再做DNA比對" 04/17 12:07
推 kaikai1112:你要擴大解釋我的推文 我沒辦法 04/17 12:16
推 nightcatman:你在第一篇的推文裏13:29-13:32那三句話就是這個意思 04/17 12:35
→ nightcatman:別再硬凹+偷偷推文了 04/17 12:37
→ nightcatman:我已經刪掉我們最後討論那篇,但已寄回備份,有必要的話 04/17 12:38
→ nightcatman:隨時可以再貼回來 04/17 12:40
推 kaikai1112:你又來 浪費一整個上午 你都沒事作ㄚ 我忙著呢 04/17 12:41
推 nightcatman:很抱歉我這邊是晚上 很閒 :) 04/17 12:42
→ kaikai1112:愛怎樣 你自便 沒空理你 04/17 12:42
→ kaikai1112:e04 果然遇上小白 04/17 12:43
→ nightcatman:記得下次謙虛點就好,現在只可憐alcoholic沒被平反 04/17 12:43
→ kaikai1112:你要貼就 貼完整一點 不要當你自己說的人 04/17 12:44
→ nightcatman:哇 又來了 剛刪完文就翻臉不認帳罵人,我把剛剛的貼去 04/17 12:45
→ kaikai1112:alcoholic..... 呵呵 果然 物以類聚 04/17 12:46
→ nightcatman:bio版讓大家看看好了,看看你是怎樣講錯東西還可以罵人 04/17 12:46
→ nightcatman:alcoholic你認識? 所以你現在是自己承認對人不對事? 04/17 12:48
→ nightcatman:我不過是替他在10399講了正確的東西確被你這個講錯東 04/17 12:48
→ nightcatman:西的人罵覺得不平, 沒想到你原來是對人不對事啊 04/17 12:50
推 kaikai1112:alcoholic 的風評 可是很好的 原來你是新警察 04/17 12:52
→ nightcatman:我不認識他 我只是看到你講錯東西就指正一下 就這樣 04/17 12:55
推 kaikai1112:推文在沒有 聲明之前 應該是以回應主文的方式來解釋 04/17 12:57
→ kaikai1112:你不認同這種觀點嗎??????? 04/17 12:59
→ nightcatman:那是你自己訂的規則罷了,沒道理你推文有錯我不能回 04/17 12:59
→ kaikai1112:基於這種觀點 你還認為 他是對的?????? 04/17 13:00
→ nightcatman:"RNA或是蛋白質定序出來以後也會返回去用DNA分析" 04/17 13:02
→ nightcatman:這句話確實是正確的 04/17 13:03
推 kaikai1112:前提是在 新聞的 暴龍 AA 定序出來之後呦,請扣主文 04/17 13:02
→ kaikai1112:我的所有回應都是 以新聞報導為出發點 我說 N 遍了 04/17 13:04
→ nightcatman:那你也是應該用 "這篇文章並沒有得到暴龍DNA" 來回應 04/17 13:04
→ nightcatman:而不是去扯degeneracy, 扯到degeneracy才真的是和這篇 04/17 13:05
→ kaikai1112:但是 光用暴龍AA序列 無法倒推DNA序列並分析 對吧 04/17 13:05
→ nightcatman:文章無關, 而且觀念也不對 04/17 13:06
→ kaikai1112:而無法倒推的原因 在 degeneracy 也沒錯吧 04/17 13:07
→ nightcatman:當然不能,但為何不能? 原因就在於沒有DNA 04/17 13:08
→ kaikai1112:可是一般人的直覺想法都會是 DNA 和 AA 是可以互推ꐠ 04/17 13:09
→ nightcatman:如果有DNA又有aa序列,自然可以反推codon,並不是問題 04/17 13:09
→ kaikai1112:這就是 alcoholic 會誤導他人的地方 不是這樣嗎 04/17 13:11
→ kaikai1112:不是直接反推 dna 而是要作引子組合 再釣基因出來 04/17 13:13
→ kaikai1112:所以 你還覺得 alcoholic 的說法在新聞的前提下正確? 04/17 13:15
→ nightcatman:那並沒有誤導,只是步驟多了些,但你不能說它是錯的 04/17 13:15
→ kaikai1112:我說過了 這裡不是 bio 版 普羅大眾可沒這些 "常識" 04/17 13:17
→ nightcatman:如果你的推文是在補足這些環節,我不會有意見,但你是 04/17 13:17
→ kaikai1112:不要在象牙塔裡想像外面的世界 04/17 13:18
→ nightcatman:用"脫褲子放屁"這種形容詞來否定DNA比對在此的必要性 04/17 13:19
→ nightcatman:這樣的說法是錯誤的 04/17 13:20
推 kaikai1112:至少 以新聞內容 和 alcoholic 的推文來說 我覺得 ok 04/17 13:21
→ kaikai1112:如果你老是要忽略掉主文那你要如何說自己不是斷章取意 04/17 13:22
→ nightcatman:我不認為那ok 你那樣的反駁是錯誤的 04/17 13:22
→ nightcatman:忽略掉主文的是你吧 如果有DNA degeneracy根本就不是 04/17 13:24
→ kaikai1112:所以現在是各人切入點和見解不同的問題 不必討論下去 04/17 13:25
→ nightcatman:問題所在, 這篇研究真正的困難只有一個,就是沒DNA 04/17 13:26
→ nightcatman:..............你還真是會凹啊 04/17 13:27
→ kaikai1112:光憑 AA 無法推得正確的DNA序列 原因就在 degeneracy 04/17 13:26
→ nightcatman:不,只有codon未知的情況下degeneracy才會是問題,而如 04/17 13:28
→ kaikai1112:如果?.... 如果是理由的話 我都可以拿諾貝爾獎了 04/17 13:29
→ kaikai1112:請就是論事 不要那麼多如果 04/17 13:30
→ nightcatman:果同時有DNA和aa, 就可以推得codon, 所以重點在DNA 04/17 13:30
→ kaikai1112:有 DNA 的話就直接用 dna 分析就好了 當然不用反推 04/17 13:31
→ kaikai1112:你的邏輯何在 ????????? 04/17 13:33
→ nightcatman:你在講啥啊? 光dna你是知道哪邊是coding region喔 04/17 13:35
→ kaikai1112:"光憑 AA 無法推得正確的DNA序列" 才是 issue 的重點 04/17 13:35
→ nightcatman:當然對dna分析出來的預測結果要和aa序列交互對照啊 04/17 13:35
推 kaikai1112:你又掉到 已經有充份的 資料庫的想前提下了 04/17 13:38
→ nightcatman:而之所以aa無法推得正確的DNA的原因在於沒有DNA可取 04/17 13:38
→ kaikai1112:問題是在 這篇新聞 is not the case 04/17 13:39
→ kaikai1112:看看你的回應 可以取得 dna 我幹嘛還要從 aa 反推 04/17 13:41
→ nightcatman:你在講啥啊...跟資料庫根本就沒關係好嗎 04/17 13:40
→ nightcatman:我剛不是講過了...你不知道coding region啊... 04/17 13:42
→ kaikai1112:會 從 aa 反推 自然是在沒有 DAN 的前提下不得不的作法 04/17 13:42
→ nightcatman:你到底有沒有做過定序計畫啊? 還是你是資訊背景的? 04/17 13:43
→ kaikai1112:就跟你說 "光憑 AA 無法推得正確的DNA序列"才是 issue 04/17 13:44
→ nightcatman:你以為genomic DNA上面會標定哪邊是基因嗎? 要預測啊 04/17 13:44
→ kaikai1112:這跟定序計畫有那裡相關 請回去看看新聞 04/17 13:46
→ nightcatman:現在提到有DNA的狀況,那就是定序計畫啦,MS也算定序啊 04/17 13:47
→ kaikai1112:這是從暴龍體內 AA 序列 來定暴龍 親緣演化關係 04/17 13:48
→ nightcatman:同時有nt和aa,就可以推出codon, codon知道degeneracy 04/17 13:48
→ kaikai1112:不是只要有 DNA 定序就是跟 定序計畫有關 04/17 13:49
→ nightcatman:就不是問題, 所以關鍵在拿不到DNA, 這樣很難懂? 04/17 13:50
→ kaikai1112:我才懷疑你是不是分生背景出來的 把分生看的這麼狹隘 04/17 13:51
→ nightcatman:我昏...你到底是不是分生背景? 你知道MS是做啥的? 04/17 13:51
→ nightcatman:你以為AA序列是會自動跳出來給你看的不成? 04/17 13:53
推 kaikai1112:你一直沒再針對 新聞 回答 04/17 13:53
→ kaikai1112:就跟你說 "光憑 AA 無法推得正確的DNA序列"才是 issue 04/17 13:55
→ nightcatman:喂, 該不會是答不出來自動跳針回去了吧 04/17 13:55
→ kaikai1112:你還要我跟你說幾次 昏倒 04/17 13:55
→ kaikai1112:問題就在於 沒有DNA也無法由aa反推 怎麼作分析 04/17 13:56
推 nightcatman:問題只有一個: 沒有DNA, 有了DNA就能反推了 04/17 13:58
→ kaikai1112:而 a 大的說法會誤導 "光憑 aa 就可以作 dna 分析" 04/17 13:58
→ kaikai1112:有了DNA就能反推? 反推啥 請指教 04/17 14:00
→ nightcatman:不 你不能說他是錯的,他只是講簡單了,做完aa比對再回 04/17 14:00
→ nightcatman:去做dna比對本來就是標準程序 04/17 14:02
→ nightcatman:我講n次了... 13:48和13:50的推文自己看吧... 04/17 14:03
推 kaikai1112:反推啥 請指教? 你還沒發現自己邏輯有問題嗎??? 04/17 14:03
→ nightcatman:有了nt和aa,就可以推出codon,所以就可以從aa反推出nt 04/17 14:04
→ kaikai1112:你一直在說已知 aa 和 dna 的 case 04/17 14:05
→ nightcatman:這邏輯如果有問題的話全世界的定序計畫都要被推翻了 04/17 14:05
→ nightcatman:我的天啊...我說的是已知aa和GENOMIC dna, 拜託一點 04/17 14:06
→ kaikai1112:所以 你說的"反推" 和 alcoholic 的反推 是不一樣的 04/17 14:06
→ nightcatman:你應該知道剛定序出來的新物種genomic dna是怎樣的吧 04/17 14:08
→ kaikai1112:他說 AA 定序完再反推回去作"DNA分析" 而不是 "確認" 04/17 14:09
→ nightcatman:alcoholic哪說過反推,反推都你在講的,為了degeneracy 04/17 14:10
→ kaikai1112:請注意 是"進行DNA分析" 而不是 "確認"定序結果 04/17 14:11
→ nightcatman:他說的是"回去做DNA分析" 這雖然有點簡化但完全沒錯 04/17 14:11
→ nightcatman:.........誰在跟你說確認定序結果啊,定序結果出seqer 04/17 14:12
→ kaikai1112:又是簡化? 普羅大眾 那知道這麼多簡化 這裡不是 bio ꨠ 04/17 14:13
→ nightcatman:就已經知道了,再不然assemble完也知道了,你到底知不知 04/17 14:14
→ kaikai1112:人會飛 這個命題對嗎???? 可以簡化到這種程度 04/17 14:15
→ nightcatman:道標準的定序分析程序啊? 到NCBI或EBI看看吧...你真的 04/17 14:15
→ nightcatman:很像是純資訊或統計背景的人跨行來的,只知道一個點,但 04/17 14:17
→ kaikai1112:可以簡化到 避開 人坐飛機 這種必要前題 你的邏輯??? 04/17 14:16
→ nightcatman:卻對整個程序不熟,所以你才會一直堅持在degeneracy,因 04/17 14:18
→ kaikai1112:你一直在說 定序計畫 blabla 讓我不禁 懷疑你的背景 04/17 14:18
→ nightcatman:為那是你唯一熟悉的一個點,你就以為所有問題都在那邊 04/17 14:19
→ kaikai1112:是不是只熟悉 定序計畫 分生 可不是只有定序計畫 04/17 14:20
→ nightcatman:....這個計畫的本質就是定序,從未知物種中抽蛋白或dna 04/17 14:23
推 kaikai1112:hello 睡著了嗎 我不會主觀懷疑你辭窮 所以一直在迴避 04/17 14:23
→ nightcatman:然後以此分析基因體,做親緣分析等等,這都是一連串的 04/17 14:24
→ nightcatman:如果你是分生背景,絕不會懷疑我說的話,不然轉bio版吧 04/17 14:25
→ kaikai1112:定序只是工具 現在委光定序沒有偉大到可以發 paper 04/17 14:25
→ nightcatman:真是太可笑了,如果回到現實,我演講你大概只有在底下抄 04/17 14:26
→ kaikai1112:如果 你覺的這一篇就只是定序 會不會太小看人家了 04/17 14:27
→ nightcatman:筆記的份,在網路上居然你還質疑我的背景? 真是太扯 04/17 14:28
→ nightcatman:我看你完全不知道定序計畫是什麼東西,回去上課再來吧 04/17 14:29
→ kaikai1112:又是幾篇論文又是演講的 真是偉大 不要用虛名壓人好嗎 04/17 14:29
→ kaikai1112:我有在質疑你關於 定序計畫 的部份嗎?????? 04/17 14:30
→ nightcatman:簡而言之,你對這些完全沒有概念,你熟的只有和你碩論相 04/17 14:30
→ kaikai1112:我質疑的是 alcoholic 的說法 會不會 誤導普羅大眾 04/17 14:32
→ nightcatman:關的,推codon preference的那部份,所以我講的你一直聽 04/17 14:32
→ kaikai1112:我很早就說 是切入點 和觀點的不同 你又不接受 04/17 14:33
→ nightcatman:不懂,也才會認為alcoholic講的不對 04/17 14:33
→ kaikai1112:你老是在說一些跟主題無關的事 你的邏輯呢 04/17 14:34
→ kaikai1112:一堆簡化.... 也沒錯 的說法 這跟偽科學 那裡不同 04/17 14:35
→ nightcatman:並不是觀點的問題 是你錯誤的認為alcoholic講的不對 04/17 14:35
→ nightcatman:實際上他講的確實是標準分析流程, 唯一的問題是拿不到 04/17 14:37
→ kaikai1112:在沒有DNA的前題下 AA無法倒推作 DNA 分析 04/17 14:37
→ kaikai1112:這就是 他的說法的 問題 不要再說 啥 簡化.... 也沒錯 04/17 14:38
→ nightcatman:DNA,你如果要反駁他就該指出這點,而不是扯degeneracy 04/17 14:38
推 kaikai1112:在沒有DNA的前題下AA因為degenerac無法倒推作 DNA 分析 04/17 14:41
→ kaikai1112:請問 問題在那裡 請指教 04/17 14:42
→ nightcatman:你當時可不是這樣講的喔 你如果當時這樣講我根本不會 04/17 14:43
→ nightcatman:去回你任何東西 04/17 14:44
→ kaikai1112:除了 沒有DNA的前題下(這是主文的設定條件) 04/17 14:44
→ nightcatman:你還加了你原推文的前三句 那是錯的 04/17 14:45
→ kaikai1112:我的推 文 難道不能 "簡化" 成這樣 04/17 14:46
→ kaikai1112:ㄡ 在主文的設定條件(沒有DNA)下 也是錯的嗎???????? 04/17 14:47
→ nightcatman:你第四句之後的還能勉強說是簡化,但前三句絕對是錯的 04/17 14:46
→ kaikai1112:如果你有DNA序列 你不會直接用 DNA 作DNA 分析 04/17 14:48
→ nightcatman:如果你肯修改推文到你上面14:41的那段敘述,我就不會再 04/17 14:48
→ kaikai1112:卻要用 AA 反推回來的 DNA 作 dna 分析 是多此一舉 04/17 14:50
→ nightcatman:說什麼,你要在後面加degeneracy解釋也隨便你 04/17 14:50
→ nightcatman:所以我說你盲點一直在這,你拿到的是genomic DNA,現在 04/17 14:51
→ kaikai1112:錯在那裡 請指教 是作 "DNA 分析" 不是"確認"呦 04/17 14:51
→ nightcatman:你不知道哪邊是coding region,所以你要做aa-aa,aa-nt, 04/17 14:53
→ kaikai1112:問題在於這篇是做 暴龍的親源分析ㄚ大哥別再說定序計畫 04/17 14:53
→ nightcatman:nt-nt三種比對,另外再配合預測coding region的軟體,一 04/17 14:54
→ kaikai1112:如果我有 DNA 我是不是直接作 dna 親源分析就 ok 了 04/17 14:55
→ nightcatman:個一個的把coding region找出來,再去算codon 04/17 14:56
→ nightcatman:我呆...你該不會是要把全基因體nt序列直接比對吧 04/17 14:57
推 kaikai1112:何必在 用 AA 反推回來的 DNA 作 dna 親源分析 04/17 14:58
→ nightcatman:沒人這樣做親緣分析的好嗎...我90%確定你不是bio的了 04/17 14:58
→ kaikai1112:那也不是 alcoholic 說的 用反推的 dna 作分析吧 04/17 14:59
→ nightcatman:因為親緣分析是要用確定有親緣關係的基因來做才行,不 04/17 14:59
→ kaikai1112:我也希望 我不是 bio 的這樣好工作 也不會這麼難找 04/17 15:01
→ nightcatman:是丟genomic dna下去做,所以找到coding region是先決 04/17 15:02
→ kaikai1112:所以呢 alcoholc 說的就完全正確 ????????? 04/17 15:02
→ nightcatman:條件,而對於未知物種有aa和genomic dna的,就如我剛說 04/17 15:03
→ kaikai1112:正確到 值得你花 5~6 小時 跟我筆戰 04/17 15:04
→ nightcatman:的,先做三種比對,再確定coding region,然後才能做親緣 04/17 15:04
→ nightcatman:分析,所以alcoholc說的雖然簡單但大致正確,而你則說錯 04/17 15:05
→ kaikai1112:為了 alcoholic 這個小白廢柴 筆戰 5~6 小時 我真是豬 04/17 15:05
→ nightcatman:我想發展到現在已經不是在筆戰了...根本就是我在教你 04/17 15:06
→ kaikai1112:就此打住 沒必要再討論了 04/17 15:07
→ kaikai1112:是是 老師學識淵博 學生爛泥扶不上牆 饒了我 OK 04/17 15:08
→ nightcatman:..................算了 反正你大概也知道盲點在哪了 04/17 15:13
→ nightcatman:如果你真是bio的,哪天在現實生活也許會碰到吧...bye 04/17 15:14
推 kaikai1112:你想教但我不想學 我只是就新聞和alocoholic說法回應 04/17 15:17
→ kaikai1112:就是這麼簡單 網路上人人平等 理字為先 04/17 15:19
→ nightcatman:alocoholic的說法雖簡單但沒錯 有講錯的是你 就這樣 04/17 15:20
→ kaikai1112:你可以用 簡化 為他護航 卻不肯簡化 我的推文 04/17 15:21
→ nightcatman:要講理,我剛剛跟你講一堆了,也說明你哪邊講錯了 04/17 15:21
→ kaikai1112:說法太簡單有時就是一種錯 就像你對我的指責一樣 04/17 15:22
→ nightcatman:我說過了 你推文前三句就是錯的,後面還勉強能說是簡化 04/17 15:23
→ nightcatman:你講錯的那些東西不是用簡化就能解釋過去的 04/17 15:24