Re: [討論] 張善政：用海量資料拚教改

[foam (Working Class Hero)]

 抱歉推文太長我直接回文了
 如果從收案 interview 採檢體 到genotyping 都自己搞
 那的確要花很多錢
 不過我從原文得到的訊息應該是要從既有的資料庫去撈出有用的資訊?
 如果是這樣我覺得這個方向基本上蠻好的
 根本就不需要花錢的 (如我上篇推文說的 data有了 電腦也有了 還要甚麼經費?)

 S大的推文似乎有掛可爆?
 我不知道您指的精神科醫師是哪位
 是前陣子發NEJM的中研院研究員嗎?
 因為小弟剛好也做這個領域 不過我目前不在台灣 也不認識該團隊任何一個人
 但我看過那篇paper 我覺得做得蠻嚴謹的
 當然或許您知道其它內幕才會有此發言 我不清楚的事我也不敢多說

 精神疾病如schizophrenia 或 bipolar 很顯然是high heritability
 所以蠻值得做的啊
 就像您說的精神科用現象學來做診斷分類很有爭議
 這不也正說明了為何需要投注心力研究它的underlying biology
 而精神疾病遺傳研究目的之一也是為了找出比現行方法更好的疾病分類
 如果您也做GWAS 應該多少用過Plink?
 搞出Plink 的Shawn Purcell 就是做精神科疾病的唷

 另外我要強調一下 精神科診斷不是用DSM check listing這麼簡單
 診斷性會談是門大學問 因為沒有biomarker可佐證 對症狀的理解必須要很透徹
 DSM是精神科R1入門時在看的 不是診斷用的聖經
 如果要說case ascertainment的gold standard
 最嚴謹的就是兩個精神科專科醫師完成診斷性會談和病歷review並達成共識
 而精神流行病學研究最大的挑戰之一就是當sample size夠大時 不可能這樣搞
 所以才會發展出一些研究用的診斷工具(是研究用喔不是臨床用)
 這部分的measurement error本來就會被考慮在研究可能會有的bias裡
 (其實實驗室分析結果也會有錯阿 不然為何需要QC?)

 然後很多研究其實是不會直接拿一個診斷來當做phenotype
 通常會用所謂的endophenotype (可能是某個臨床表現 或某個生化或腦部影像檢查結果)
 這也可以解決您提到的診斷分類不可信的問題

 不好意思剛好遇到有興趣的議題就話多了一點 大家交流一下囉 謝謝




: 推 Shilia:1) 樓上您說出了很可怕的不能說的秘密，跨平台的 GWAS data  04/28 00:18
: → Shilia:處理並沒有那麼可怕和高深遙不可及.. (您都能看出這問題了   04/28 00:19
: → Shilia:後面的也應該不用我多說了) 至於 DMS 的部分，記錄片是有    04/28 00:20
: → Shilia:些誇張，但是精神醫學跟一般醫學不同的地方在於他們不用任   04/28 00:20
: → Shilia:何 "實質臨床數據" 就可以 "判定一個人有什麼病"。比方說醫  04/28 00:21
: → Shilia:生要宣布一個病人得癌症那他一定體內某處找得到腫瘤，糖尿   04/28 00:22
: → Shilia:病會看到他血糖調控異常，但是精神科醫師是決定一個病人有   04/28 00:23
: → Shilia:什麼病和服藥到底有沒有效，那都是憑他們自己的 "專業" 來   04/28 00:23
: → Shilia:判斷的。這一點才是我舉該紀錄片為例的真正原因。因為精神   04/28 00:24
: → Shilia:科醫生要收案要做 GWAS 比其他科醫生容易太多太多了，但是   04/28 00:25
: → Shilia:誰有那資格可以去評判去確認他們的收案標準是不是與國際一   04/28 00:25
: → Shilia:致？如果他們醫生臨床部分根本就不確實，那那些處理檢體的   04/28 00:26
: → Shilia:做 GWAS 代測的和最後面統計分析數據的再怎麼認真比照國際   04/28 00:27
: → Shilia:最後還是可能得出全世界都來說 "我們無法 repeat" 的 data   04/28 00:28
: → Shilia:和結論呀                                                 04/28 00:28
: → Shilia:2) 我要說如果中研院士們遇到精神科醫師都會被打敗、都拿人  04/28 00:29
: → Shilia:家沒轍，人家勒索就一定要給計劃經費，那麼衛福部和科技部   04/28 00:30
: → Shilia:為什麼不該好好認真研究一下這麼荒謬的情形是怎麼回事?      04/28 00:31
: 推 Shilia:3) 一般人想像中的生醫研究狀況是研究乳癌的做乳癌的 GWAS   04/28 00:36
: → Shilia:肝癌肺癌專長什麼癌的醫師就做自己領域的 GWAS 研究。但是   04/28 00:37
: → Shilia:精神科醫師可以同時做躁鬱症/創傷後壓力症候群/自閉症/過動  04/28 00:38
: → Shilia:症/酒癮...... 這麼一大堆 GWAS 耶，反正 DSM 裡頭有得翻的  04/28 00:39
: → Shilia:他們有錢也找得到個案收來抽血就可以做。這不是很奇怪嗎?    04/28 00:40
: → Shilia:比方說美國 NIH 就已經講了有近親帶著相同的遺傳變異，但是  04/28 00:41
: → Shilia:一個被精神科醫生判定是躁鬱症，另一個則是精神分裂。所以   04/28 00:42
: → Shilia:要如何證明也確認那些精神科醫生們僅憑自己的專業主觀判定   04/28 00:43
: → Shilia:的病人疾病，分類真的是正確的? 如果衛福部連這部分都無法   04/28 00:44
: → Shilia:確認，就想往 Big Data 方向走去，那只會造成大災難而已。   04/28 00:44
: 推 Shilia:4) "台灣生醫界有能力處理 Big Data 的人不少".. 我可以說   04/28 00:53
: → Shilia:我個人的悲慘遭遇讓我對這句話沒啥信心嗎? 之前還有統計專   04/28 00:55
: → Shilia:家走來建議我用 NGS 做單點 SNP 分析，還不同平台都要做，   04/28 00:55
: → Shilia:說這樣專利包覆性才完整。我聽了很想跟那位 PI 說你就直接   04/28 00:57
: → Shilia:告訴我我是黑五類做什麼都不會拿到專利的比較快吧.. 哪有人  04/28 00:58
: → Shilia:做單點 SNP 測定會用貴鬆鬆的 NGS 去做的? 完全不符合經濟   04/28 01:00
: → Shilia:效益呀.. (這種統計專家說要做 Big Data，我覺得那得到的結  04/28 01:01
: → Shilia:論也同樣沒辦法套用在現實世界吧)                          04/28 01:01

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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 146.115.20.234
※ 文章網址: http://www.ptt.cc/bbs/AfterPhD/M.1398623481.A.DD1.html
→ saltlake:對數據利用電腦寫程式做分析的人之薪水也是要給錢的
→ saltlake:讓研究助理或博後座要付薪水 研究者自己做難道不領錢?
→ saltlake:別忘了大學所謂做研究的教授可不是不領薪水和福利的義工
→ saltlake:博士班學生做研究也是要畫時間成本和有錢付食衣住行費用
→ saltlake:只看到各種硬體設施和電腦軟體要付費而認為專業人力免費
→ saltlake:但博士生做研究沒有學校其他人支援如學校之行政管理
→ saltlake:這些都要有人付錢
推 jack5756:多少大哥表示：「這是給學生學習的機會，幹嘛還要給錢」
→ jack5756:沒叫學生額外送上束脩已經很佛心了。校務長官也表示，大
→ jack5756:家一起犧牲奉獻，朝向世界百大的目標前進，來超英趕美，
→ jack5756:讓世界看到台灣，修復臺灣長久以來的民族自卑感，幹嘛要
→ jack5756:給薪水？
推 hajimels:來日後知，台灣PhD/Postdoc的薪水有多慘....
推 hajimels:http://nensyu-labo.com/heikin_kaisou.htm
→ hajimels:目前資料推算扣完稅還在平均以上
推 Shilia:f大我很謝謝您願意互相交流，但是我正處在前篇交大學生類似
→ Shilia:的困境，在這種時候我可能不太適合講太多話，因為那篇 NEJM
→ Shilia:的通訊作者就是我現在的老闆。另外據說我是個 "高年資" "很
→ Shilia:難叫去做事" "沒產出" 的助理，所以在這裡我要很誠實地聲明
→ Shilia:我只有做送測 GWAS 樣本的稀釋和裝盤而已。
→ Shilia:我本身的專長是抗糖尿病藥物開發，不是精神醫學，所以我有
→ Shilia:自己去圖書館借書研究 Research Methods in Psychology 應
→ Shilia:該要是怎麼回事 (所以我有知道量表很重要)。Personalized
→ Shilia:Medicine & DSM-V http://goo.gl/W5zJVc 這份投影片是當初
→ Shilia:我老闆說他這研究 (那篇NEJM) 希望能促進業界認真思考生產
→ Shilia:長效型鋰鹽那時候很高興找來讀的 reference，與 f 大您文中
→ Shilia:提到的一致。但很顯然跟我現在待的實驗室在做的事情完完全
→ Shilia:全徹徹底底地不同！