[化學與結構生物學]作業--Dr. 廖

[francium ()]

化學與結構生物學 今天上課的Dr.廖有出作業喔!!

The guidelines for HomeWork:

首先 必須挑一個protein 必須已經解出結構 ~200aa大小比較恰當

接著 就必須做以下的事情

1. Retrieve the sequence and coordinate files from the Protein Data BANK.
http://www.rcsb.org/pdb/  (eg. RCSB1-RCSB3)

2. Sequence homology search by PSI-BLASTP; http://www.ncbi.nih.gov/
   (eg. GD-blastp)

3. Multiple sequence alignment by ClustalW; http://www.ebi.ac.uk/clustalw/

4. Mapping the conserved residues on the known 3D structure to identify
   the functional roles of the particular residues.

報告中必須有以下的圖

Fig. 1. The overall structure.
Fig. 2. Multiple sequence alignment.
Fig. 3. The conserved residues for the protein function (active-site residues).
Fig. 4. The conserved residues for structural stability (salt bridge; HB)
Fig. 5. The conserved residues for structural stability (hydrophobic packs)

Fig.3-5為3D structure的alignment 分成function及structural stability兩部分作圖

圖的底色要為白色的...

作業的內容部分 大概就是以上的要求

另外 老師要大家將最後檔案轉成PDF檔 且檔案大小必須在200KB以內

在三月三十日以前mail到老師的信箱 [e-mail]

--
※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) 
◆ From: 59.112.33.70
→ francium:我會請導演把老師給的PDF範例檔放至網頁上...
→ francium:大家加油嚕!! 有問題請洽中研院501 慈姐!! :p