Re: [工具] PseudoPipe - 找尋 Pseudogenes

[sysc (I am NTU student)]

那這個工具最後跑出來的結果的檔名代表的意義是?

例如我跑某個chromosome Y
最後出現以下這幾個檔案
chrY.sptrembl.all.fa   chrY.sptrembl.dup.gff
chrY.sptrembl.pssd1.fa   chrY.sptrembl.pssd2.gff
chrY.sptrembl.all.gff  chrY.sptrembl.frag.fa
chrY.sptrembl.pssd1.gff  chrY.sptrembl.real.fa
chrY.sptrembl.dup.fa   chrY.sptrembl.frag.gff
chrY.sptrembl.pssd2.fa   chrY.sptrembl.real.gff


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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) 
◆ From: 140.112.26.181
推 huggie:我上次還沒跑完機器就當了 (那台電腦有問題)，後來我的
推 huggie:project 打算把 pseudogene prediction 部份放進下一篇
推 huggie:paper 裡，因此我沒有跑完過，上一篇是讀paper來，沒有實際
推 huggie:經驗的嘴砲。但是呢..還是可以猜一下
推 huggie:這些都是序列檔案，.fa 檔是 fasta 格式，.gff 是 genbank
推 huggie:嗎? 好像不是..我再研究看看 至於 dup, frag, pssd1, pssd2
推 huggie:等應該就是我上一篇所提到的那些pseudogene的分類。
推 huggie:http://www.sanger.ac.uk/Software/formats/GFF/
推 realism:.gff檔案格式我也是第一次看到 看來跟.gbff不同...
推 sadrasc:應該是gene or something在chr上面的相對位置