Re: [問題] 請問如何去找基因的promoter region? ꐠ…

[hajimels (阿一)]

※ [本文轉錄自 Biology 看板]

作者: hajimels (阿一) 看板: Biology
標題: Re: [問題] 請問如何去找基因的promoter region? ꐠ…
時間: Mon Mar 10 23:52:29 2008

※ 引述《oboe1981 (toxic)》之銘言：
※ 引述《teddybear209 (慧慧林)》之銘言：
: 【問題】■虷韞h找基因的promoter region? 又如何去找其上面可能的transcriptio factor?
: 謝謝
: 【問題起因】：
: 【個人看法】：
(1)genomic walking
(2)EMSA or Gel shift

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◆ From: 118.170.13.225

推 BUSTARD:chromosome walking 不是多應用在定序嗎???
chromosome walking可以找出candidate position of gene
如果透過walking找出基因的位置 再透過序列分析找出transcriptional start site
或推出第一個ATG 反推upstream應該就可以找出upstream

推 BUSTARD:我想應該可以用basal transcription factor 去跟DNA
→ BUSTARD:作DNA-protein interaction的實驗
假設你今天己經你要分析的gene為known的
小弟則建議您可以先用生物資訊方法 來看看有哪些putative的 TFBS
找到後可以再用前面2位板友提供的方法加以驗證
另外ChIP應該也可以拉 但我覺得你要先知道putative的TFBS比較好去做

那生資工具要怎麼用呢?

1. 先找到你的基因的gene symbol (利用http://www.genecards.org 可以找到)
2. 到Biomart (http://www.biomart.org)
3. 先選上方黃色bar的 "MartView"
        3-1. 先決定你的dataset
                以人類為例: Ensembl 48 gene -> H.Sapiens genes NCBI36
        3-2. 左方filters 點一下 -> 右方選 "Gene" -> 將 ID list limit打勾
             -> 接著填入你的gene id 切記要去選你的id為什麼樣的格式!
        3-3. 再來點左方的 Attributes -> 右方選sequence -> 下方的sequence選
             flank gene (TSS為0) or flank coding gene (第一個atg為0) ->
             再勾upstream 填入你想看幾個bp
                3-3-1. head information 為fasta格式中 ">" 後的註解
                e.g. >Gene A|Esemblid=XXXXX|XXXXXX <-此行為註解
                     atactatacgatttcccgggaatt
        3-4. 再按右上方黑色的result
        3-5. 恭喜你就順利取得該gene的upstream sequence了
4. 到 http://www.cbil.upenn.edu/cgi-bin/tess/tess
        在中間 Search DNA for Binding Sites 右方填入你的sequence
        p.s. 若你有填email他分析好會寄信跟你說分析好了
5. 接著TFBS資料的判讀可能你要自己看一下說明 我這邊不太方便一次講完QQ

以上個人淺見 請多指教囉 實驗的認知有錯也請見諒...因為我是待dry-lab的...

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【今晚的天空有一顆流星劃過 在預言著什麼】|>
                                                                                

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※ hajimels:轉錄至看板 Biotech                                     03/10 23:54
推 teddybear209:謝謝
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→ hajimels:這我之前在其他板回的 我想對找tss也有幫助
→ acme970:DNA footprinting