[轉錄][求救] 有關FASTA format

[huggie (huggie)]

※ [本文轉錄自 Biotech 看板]

作者: TZUKI (漢堡) 看板: Biotech
標題: [求救] 有關FASTA format
時間: Mon Jun  2 12:21:37 2008

有個問題很困擾...

就是如何能不使用一些特殊程式來將不是FASTA format 的序列轉換成FASTA

我想了很久

也只能想出用word來去算字數再來依長度分行

這方法感覺很遜...

請問板上的大大們

有沒有更好的方法?

不然每次我都只能慢慢來>"<

--
※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) 
◆ From: 134.208.44.23
推 huggie:借轉 BioMedInfo 歡迎任何dry lab 討論唷
--
※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) 
◆ From: 140.129.160.62
→ huggie:請問來源格式?
→ hajimels:我猜應該是像GenBank或EMBL那樣的format吧 我要上seminar
→ hajimels:晚點再回好了...不過在下載時 就可以下載fasta格式了
推 cot123:如果有來源格式就好辦了
推 masamonster:沒有來源格式應該也可以寫～ 不過一次只能一筆 ^^
→ hajimels:我上seminar偷上b中 cot幫人家寫個code算了XD
→ cot123:寫支小程式是ok啦.. 只是如果可以瞭解問題詳細細節比較方便
推 nightcatman:#!/usr/bin/perl -w
→ nightcatman:open(IN,'data.txt');
→ nightcatman:<IN>;
→ nightcatman:@a=<IN>;
→ nightcatman:$seq=join('',@a);
→ nightcatman:$seq=~s/\s//g;
→ nightcatman:print length($seq);
→ nightcatman:<>;
→ nightcatman:以上
→ nightcatman:不過這只有算序列長度而已,分行就再加個for印出,不難
→ nightcatman:其他像.gb或.embl之類的也差不多,格式有的話隨手可寫