Re: [問題] Construct Phylogenic Tree

[realism ()]

有點不太懂你講的 首先我想離清的問題是

你想畫的是演化樹 還是只是一般multiple sequence alignment出來根據相似程度

所畫的tree 前者需要比較嚴謹的過程(挑選substitution model, etc.)

另外你說的root 是outgroup嗎? 挑選outgroup的話

一般是選擇與你要畫tree的所有sequence距離差不多的sequence來做

算distance的時候比較不會有bias

至於global與local的問題 就是根據你的目的

如果你想看的是兩條長度很接近的序列的相似程度 建議用前者

如果只是想找motif 兩條序列長度又差異比較大 建議用後者

ps. 小弟淺見 板上演化高手指教吧...

※ 引述《david31408 (希望你沒事)》之銘言：
: 我想請教大家一下有關於畫親緣樹的問題
: 一般來說是不是都要有一個root???
: 例如我的序列是1984-2007
: 那我需不需要挑兩三條1920 1930 1940之類的outlier來當root??
: 還是其實只要一條就夠了???
: 另外如果今天要看A 血清型  跟B C血清型(就是畫在同一棵樹上的話)
: 那我是不是要ABC三種都挑一株當作root?  還是說只要挑個A當root呢???
: 再請問一個align的問題
: 有分global 跟local alignment
: 我要如何選擇要global還是local align?
: 還是說global align 好之後  把認為沒有對好的地方切下來再align呢??
: 謝謝大家~^^

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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)
◆ From: 140.129.77.13
※ 編輯: realism         來自: 140.129.77.13        (06/03 16:30)
※ 編輯: realism         來自: 140.129.77.13        (06/03 16:31)
推 david31408:前者     恩 我想要的root算是outgroup
推 tear2001:也許你可以拿多幾條orthologous來試試看
→ tear2001:看你要畫的tree是在哪一個level....然後提到上一層去找
→ tear2001:但假如你是要畫Archea, Bacteria, 跟Euca的話...嘿嘿...
→ realism:另外我不太了解你描述序列的方式耶??
推 david31408:Virus