Re: [問題] Construct Phylogenic Tree

[david31408 (希望你沒事)]

→ realism:另外我不太了解你描述序列的方式耶??
推 david31408:Virus
就是登革病毒有四種血清型

這邊有不同年代的  然後我想看這些病毒的關係

可是因為有四種但我想要表達在同一棵樹上

例如:


       --------   A
    ---|------    B   這三個屬於第一型
   |   |
   |   ------     C
   |     D
   |----/             這兩個屬於第二型的
  .     \
  .      E
  .
  .
  .

這樣  我需要每型都放一個年代久遠的病毒株嗎???

謝謝^^

--
※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) 
◆ From: 118.168.203.227
推 nightcatman:我是認為不用吧 為什麼你會認為需要呢?
→ david31408:看他的個別演變的情形?
推 nightcatman:如果你也有這個目的的話當然可以放...總之看目的而定
推 tear2001:it's perfect, you do not need out-group.....
→ tear2001:well, I am not good in virus evolution....
推 nightcatman:OK 說明一下 對於virus和bacteria這種演化快速的東西,
→ nightcatman:取樣的時間先後和演化的時間先後並沒有絕對的關係, 所
→ nightcatman:以如果只是要分類看遠近關係(不含時間軸)就不用放out
→ nightcatman:group, 此時會是unrooted tree. 但如果要加進時間軸上
→ nightcatman:的關係, 就可以加進outgroup,然後以此當作root,就可以
→ nightcatman:得到含有時間軸訊息的rooted tree
→ david31408:謝謝  我了解了^^
推 Russ:就 tree 的定義來說 即使拉出了外群 通常還是 unrooted tree
→ Russ:尤其如果是建立 ultramatric tree 的話 ...... 小小的意見
推 Russ:這個例子其實想看的應該是 clustering 並不是 evolution
→ Russ:拉一個 outgroup 進來有時反而會礙事 ...
推 realism:我也覺得用MSA-->cluster耶 可以問一下你使用時麼軟體畫嗎
推 nightcatman:不不 我講的和Russ講的不是同一件事,我說的是用NJ之類
→ nightcatman:的先建一個unrooted tree,此時和molecular clock無關,
→ nightcatman:也不是ultramatric tree, 在這情況下就類似clustering
→ nightcatman:,只能得到彼此距離關係而不知時間先後,但此時若以預先
→ nightcatman:加入的outgroup為root把整個tree拉起,就可以得到時間
→ nightcatman:上的先後關係了
推 nightcatman:剛發現wiki上Neighbor-joining這頁有提到一點這樣的概
→ nightcatman:念,有興趣可以去看看^^
推 lingon:如果你的關係是要做genotyping的話,並沒有一個root的必要
→ lingon:畢竟這個root是什麼並沒有意義, 用NJ algorithm即可
→ lingon:至於molecular clock選擇也沒太大的意義, 因為病毒演化速度
→ lingon:第一快速,第二會被免疫系統影響,用簡單的演算法很難推斷
→ lingon:從序列很難病毒演化的推斷前後關係
推 lingon:想更了解病毒演化的推算可讀Korber B, Science 2000
推 lingon:DJ Smith, Science 2004.
→ david31408:恩  我是用NJ畫的...
推 realism:喔喔 比較清楚一點了
→ david31408:那OUTGROUP要放多少  放一群年代久遠且相近的??
推 nightcatman:同意lingon