[問題] 想找那些蛋白質有特定的motif

[HAVEaCAT (有隻貓)]

就是... 如果我知道一段 短短的motif 只有4個胺基酸

不過其中2個胺基酸是隨機的 例如 XTXV (X是都可以的氨基酸)

我本來想利用blast找 可是發現好像不能這樣用

那我還有甚麼方法可以 在database中 尋找所有帶有這一小段motif的蛋白質呢??



會有motif太短 找不到的問題嗎


麻煩大家了  謝謝:)




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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) 
◆ From: 140.112.79.65
推 nightcatman:motif太短不是找不到 是會找到太多false positive
→ nightcatman:你這東西要用prosite找才對 不過pattern真的太短了
推 cot123:我也是覺得pattern太短了 不過說不定是舉例?
推 huggie:若是 enzyme cutting site 另外有軟體可用..
→ HAVEaCAT:謝謝^^ 我想找的只有4個胺基酸 屬於binding motif的