Re: [問題] 想找那些蛋白質有特定的motif

[cot123 (cot)]

※ 引述《HAVEaCAT (有隻貓)》之銘言：
: 就是... 如果我知道一段 短短的motif 只有4個胺基酸
: 不過其中2個胺基酸是隨機的 例如 XTXV (X是都可以的氨基酸)
: 我本來想利用blast找 可是發現好像不能這樣用
: 那我還有甚麼方法可以 在database中 尋找所有帶有這一小段motif的蛋白質呢??
: 會有motif太短 找不到的問題嗎
: 麻煩大家了  謝謝:)

可以試試EMBOSS裡面的fuzzpro

http://www.bioinfo.hku.hk/EMBOSS/

在左邊選單的protein motifs這一個分類下

貼上sequences 把pattern也打上 如你的情況就是 XTXV

pattern怎麼寫請參照說明文件

http://bioinfo.hku.hk/cgi-bin/emboss.pl?_action=manual&_app=fuzzpro

submit就可以等結果了


另外也可以使用一些支援regular expression的工具 也是蠻適合的

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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) 
◆ From: 219.80.34.223
推 huggie:棒，要是我只會自己寫..囧
推 nightcatman:自己寫才是王道 ^^
→ cot123:我好像會錯意了 @_@ 我以為是要搜尋幾條sequences
→ cot123:那這樣可能需要自己準備好database做input
→ cot123:                                ^當做input
推 huggie:沒有，有時候用別人的東西省事又不會錯 =(
推 HAVEaCAT:謝謝你們 可是我沒有sequences耶 我以為會自動連到NCBI或
→ HAVEaCAT:ExPASy 這種的database 讓他search
→ HAVEaCAT:所以要自己把sequence一次一次貼上去囉??
推 nightcatman:去 http://www.expasy.ch/tools/scanprosite/
→ nightcatman:右半部那個 把pattern打進去 選好database 開始scan
→ cot123:嗯嗯 用prosite好 :D
推 HAVEaCAT:挖~謝謝你 prosite這個很棒 不過真的找到好多
→ HAVEaCAT:已經有把搜尋限制在 Homo sapiens  不過還是太多@@
→ nightcatman:That's expected :)