[轉錄][軟體] 還蠻好用的PowerBlast

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※ [本文轉錄自 Biotech 看板]

作者: enisx (東方有比目魚,不比不行) 站內: Biotech
標題: [軟體] 還蠻好用的PowerBlast
時間: Thu Jun  5 16:11:19 2008


網址: http://www.bio-soft.net/format/PowerBlast.htm

因為要將超多條的DNA序列與實驗室已有的序列庫比對,

一條一條分別丟2blast實在會要人命..

後來找的這個工具,初步玩了一下算是好用,

我可以將我們實驗室已有的序列庫以fasta格式寫在一個txt檔內,

然後將之載入,

如此一來我就可以在自己電腦裡blast了...無論是單條blast或是批次多條blast

都快多了..^_^

另外,它也可以比對protein序列.. 推薦給大家玩玩看!



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推 huggie:借轉 BioMedInfo
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→ windincloud:原本的NCBI 給的blast也可以直接在自己電腦跑呀 XD
推 nightcatman:對啊 架個linux sever想跑啥都行 自動丟序列自動parse
→ nightcatman:進資料庫,有需要的話可以再寫個web界面去取資料
→ huggie:我記得 NCBI 還有個程式是可以在linux下跑 blast NCBI db
→ huggie:忘了叫什麼了
→ windincloud:樓上是說web blast還是做資料庫的formatdb?
→ huggie:都不是耶.
→ huggie:不用自己formatdb, 因為 db 就遠端 ncbi 的
→ huggie:那程式吃你提供給他的 fasta 檔案，然後就送出去query
→ huggie:command line 介面的
→ huggie:回來的檔案也很正常..就一般 blast output
推 tear2001:推formatdb.......真的很好用
推 nightcatman:那個叫netblast (network-client BLAST), 在NCBI ftp
→ nightcatman:上面可以下載安裝,也有readme