[問題] 非模式物種的Synteny

[MrCAKE (Keep Working)]

目前手邊有一段DNA序列  約100Kb

想和其他物種之間的相似區域做Synteny的比較

但在皆非模式生物的情況下(一些online工具通常都是針對人、老鼠或其他模式生物)

請問有何較方便的方法可以進行分析呢

希望有經驗的版友提供經驗

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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) 
◆ From: 140.112.60.201
推 nightcatman:你需要的是大尺度的序列比對軟體, 這有很多
→ nightcatman:我以前用過Mummer和pattern hunter,還有國產的FLAG,
→ nightcatman:不過這些都很久了,剛隨手找到一個M-GCAT你看看合不合
→ nightcatman:BMC Bioinformatics 2006, 7:433
→ nightcatman:看一下fig 3和 fig 4是不是你要的東西
推 nightcatman:另外其實最基本的BLAST+Artemis(ACT)也能做,只是很慢
→ MrCAKE:多謝!!!   我試試