Re: [工具] 有沒有程式可以從distance matrix作tree

[auymle (.....)]

※ 引述《auymle (.....)》之銘言：
: 我介紹一個工具好了
: 是中研院統計所老師所開發出來的工具
: 叫做GAP (Generalized Associated Plots)
: 網址在這http://gap.stat.sinica.edu.tw/Software/GAP/
: 雖然還只是beta版本
: 但是該有的功能都有了
: 雖然還有一些不人性化的地方
: 例如檔案輸出的部分還沒有很好
: 所以我圖大部分都是用print screen的方式弄出來
: 如果不知道該怎麼用
: 或者出來的圖不知道怎麼解讀的話
: 可以再問我

我介紹的這個軟體主要是用來做clustering的visualization

剛剛又稍微看了一下你的問題
發現我介紹的這個工具好像不是很符合你的需求

如果只是純粹要從pairwise distance matrix
畫phylogeneitc tree的話
其實還真的有很多工具

剛剛看到一個感覺還不錯
畫出來的圖還不致於太醜
只是不知道好不好用

他的網站在這http://pearl.cs.pusan.ac.kr/phylodraw/
他的paper: http://tinyurl.com/4bvpmn


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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)
◆ From: 140.129.151.4
※ 編輯: auymle          來自: 140.129.151.4        (06/10 14:02)
推 huggie:請問你 google 的時候參數下些什麼?
→ auymle:distance matrix treeview
→ afra33:哈 :P 謝謝
→ afra33:使用結果: 這個程式似乎只能output出 圖檔的tree
→ afra33:^^ 還是謝謝你
推 realism:你要做的事情應該跟我ㄧ樣 不過我想問你的dist檔案格式?
→ afra33:我不清楚distance有什麼特別的格式耶 我就只是一個2*2的
→ afra33:table那樣而已
→ afra33:使用phylodraw時，我按照著她的sample file作出一個
→ afra33:讀進檔案之後就可以畫出tree了 不過她的tree之後只能以
→ afra33:圖片格式輸出 (也就是branch不能轉就是了)
推 realism:我用tree-puzzle做出Matrix再用FastME來跑BIONJ