Re: [問題] 請問版上高手 蛋白質預測的問題

[windincloud (雲淡風輕)]

其實也不是不太可能

看你如何去用你所知的工具

像在蛋白質結構預測的部份

我們除了可利用區域比對的方式之外 還可以使用像是machine learning去做

這部份的話在預測上可以達到80%以上的準確率

它的原始概念類似

假設今天某一條序列中的一個AA是某種結構，則在他附近的鄰居(AA)也會是那種結構

就好像今天有一群學生裡面我隨機抽一個學生出來預測是哪一個年級

我可以先問問其他的同學他們是哪個年級進而猜出我選到的這學生是哪一個年級

要是您對這方面有興趣的話

可以下一些關鍵字像是protein secondary prediction SVM HMM KNN ......等

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檢附一個蛋白質二級結構預測的paper
Prediction of protein secondary structure at 80% accuracy,
Thomas Nordahl Petersen, et. cl, 2000.


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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)
◆ From: 140.138.155.216
推 liturtle:我要發問~  不過如果是要預測 那應該連鄰居都不知道了吧
→ liturtle:另外 就算用統計方法預測出二級 難度跟預測三級有差吧?
這邊回你一下
其實不會連鄰居都不知道呀~
我們所下載的DATABASE是由PDB載下來的
PDB可以下載到兩種格式一個是PDB 另一個是fasta
我們可以由下載的PDB上每一個原子位置計算出適合種結構
(結構是由X光繞射或是核磁共振所得)

順便給你一篇
http://swift.cmbi.ru.nl/gv/dssp/
這邊有當初定義怎樣計算的文章及工具dssp

不過話說dssp有一些小問題(Disorder的問題)
不過基本上利用這個工具可以定義出至少7種的結構
然後再來就劃分成一般我們所知的3種結構 α β coil

我們一般答案都是這樣來的 :)

至於第二個問題
要預測出三級結構的確距離還滿遙遠的
不過不能說三級難預測就不預測二級結構對吧~
要是二級結構預測OK或許三級結構就會較好的解決方式
不是嗎?  :)
※ 編輯: windincloud     來自: 140.138.155.216      (06/16 16:36)