Re: [問題] 請問版上高手 蛋白質預測的問題

[liturtle (超屌師大附友會)]

原文恕刪~~~

我想我的疑問沒有被解答

就直接回文來討論一下吧



我這邊認為的蛋白質預測

是指 丟入蛋白質的胺基酸序列給軟體

"預測"出他的"三級"結構



那麼如果是一開始就有PDB檔 就代表他的結構已經被解出

打開裡面就可以看到坐標

丟到類似PYMOL 或是 CHIME 之類的軟體 即可以"秀出"結構立體圖

但這些都不是"預測"吧 因為結構都已經解出來 座標都被標定了 怎樣能算是預測?



另外DSSP我知道

我們做的結構比對軟體基本上就是利用他來做training

不過這個程式也是需要PDB檔 這樣也不算是預測吧


最後

我當然了解二級結構需要被預測

但我指的是 現在要算出二級的軟體很多

但是要"預測"出"三級結構"的其實幾乎沒有



PS.以上問題 都要在我們認為的"預測"定義相同 才可以成立

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曾經有一碗熱騰騰又好吃的叉燒飯擺在我面前
我卻沒有去吃她
直到吃不到了才感到後悔莫及
如果能有一個機會讓我在遇到她
我一定會.吃.光.光.
http://www.wretch.cc/blog/kyo0059

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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) 
◆ From: 140.114.98.92
推 nightcatman:他講的是homology modeling, 和你講的並沒有衝突
→ liturtle:收到~ 如果他講的是modeling的事情我就比較理解了~ 感謝!
→ nightcatman:剛隨手google到的資料 http://0rz.tw/f24g9
→ nightcatman:ab-initio是最後不得已才做的事...
→ liturtle:恩恩 這我知道 感謝 只是我這邊傾向於認為如果要使用到
→ liturtle:homology做預測絕對沒問題 但是對於novel protein 也就是
→ liturtle:沒什麼homology的protein 就很難了
→ liturtle:我想是我一開始沒有提到這點 先跟大家說抱歉~