[問題] Gene Ontology分析軟體

[jasperlin (妳的微笑)]

 各位前輩....

        小的目前從事蛋白質體的實驗，利用質譜對菌株進行蛋白質修飾的研究

        現在得到大量的protein ID,想對這些不同的蛋白做Gnen Ontology的分析

        我現在想用Blast2GO、BiNGO Cytoscape plugin做分析

        但對這類軟體使用方式完全不懂，研讀過一些相關的說明

        但仍摸不著頭緒

        不知道各位前輩有沒有使用過這一類的軟體，可以給小的一些指點，謝謝

--
如果時間可以停留的話
            就讓我永遠留在你身邊吧！

--
※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) 
◆ From: 140.109.65.236
推 huggie:我只有稍微玩過中研院的 GOBU，堪用，但不是非常的好用
推 huggie:input檔案如果有錯也不會提醒..繼續run下去結果就會很奇怪
推 hajimels:除了GO外還有想做PPI嘛?不然並不需要你說的工具便可分析
→ hajimels:biomart->IPI轉HGNC Symbol->DAVID 就好了
→ hajimels:IPI轉GeneSymobl也可以直接download IPI的xref
→ hajimels:用M$ Excel的vlookup便可以自行對映