Re: [程式] 關於R-cluster的input file 所接受的格式

[hgsfhevil (evil)]

我現在手上有一堆hexamer(6nt)序列,根據以下的步驟做cluster
1)
先用clustalw做Multiple Alignments得到每個序列alignment的結果
ex:
AATCCA          ------AATCCA-
ATCCAA          -------ATCCAA
AAATCC          -----AAATCC--
AATACG          ------AATACG-
2)
根據1)的結果,2.1)將每一個hexamer與其他hexamer(包含自己)的mismatch和shift去計算他的dissmilarity distance,做出dissimilarity matrix
ex:
TCCGGA-
-CCAGAT
的dissmilarity distanc是2(1 mismatch+1 shift)
3)
將將每一個dissimilarity matrix去做average linkage hierarchical clustering

抱歉,剛剛才把paper所說的東西串接起來
所以要給R-cluster的輸入檔案是dissimilarity matrix的數據資料,所以我要把他整理成csv格式?
但是之後的指令要如何下? ~"~不知道大家知道嗎?

ps:
我對R很陌生,也不太懂,我先為之前不清楚的問題道歉,請大家耐心的指教

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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) 
◆ From: 140.138.155.193
推 auymle:clustalw不就有提供guide tree了嗎? 為什麼你還要用R再做一
→ auymle:次了? 另外 如果你要用R做的話 那你還是要先懂一些R的基本
→ auymle:操作 不然你無法把資料餵進去
→ hgsfhevil:恩,我跟老師討論後,他也覺得我可以直接做,謝謝你
→ hgsfhevil:不過講真的,對於R的指令,基本操作我真的不懂
推 hajimels:同意1F
→ clickhere:把你的matrix放在d
→ clickhere:fit <- hclust(d, method="average") 這行會幫你作完
→ clickhere:plot(fit) 畫圖.
→ clickhere:d <- read.csv(....) 可以讀檔