Re: [問題] 預測基因存在的工具

[auymle (.....)]

※ 引述《leondemon (狗狗)》之銘言：
: 請問一下要某一細菌或古細菌的基因體序列（genome sequence)
: 那要預測有多少基因「確實存在」 哪個生資軟體的正確率比較高？
: 目前我知道的有GLIMMER 它標榜著有97~98%的預測準確度
: 請問一下還有哪些類似的優秀軟體呢？

我對這個領域比較不熟
但我知道有幾篇prediction method的比較

A brief review of computational gene prediction methods.(2004)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15901250

Computational approaches to gene prediction (2006)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16728949

Comparative genomics as a tool for gene discovery (2006)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16459073

其實目前沒有一個比較好的工具
而且他們宣稱的準確度其實都是by case
所以用到其他的organism上是否一樣有這麼好的結果
應該會有很大的疑問

如果是我要做gene predction
我會使用多個大家比較推薦的工具
再去尋找不同工具間的intersection

如果大家有不同的觀點可以提出來討論討論

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◆ From: 140.129.151.5
→ hgsfhevil:但是我會比較希望是用full-lenth cDNA去驗證這個gene
→ auymle:如果你能拿到full-length cDNA了 你就不需要去做
→ auymle:prediction了
→ hgsfhevil:當然是這樣,可是大部分prediction工具是針對人類
→ hgsfhevil:這些工具是以人類為基準,不知道用在古細菌,有說服力嗎
→ hgsfhevil:如果是要針對非人類物種的,大部分是要靠商業軟體
推 leondemon:預測和實驗驗證應該是要分開的 尤其很多基因平常不表現
→ leondemon:靠實驗蒐集的只能得到部份的基因資料 所以預測有重要性
推 leondemon:預測到平常不表現的基因 才能發現出這個基因存在的價值
→ auymle:h大你應該是對這領域不熟吧?
→ auymle:當然有些工具是針對特定物種設計的, 但是如果從genome
→ auymle:complex來看的話, bacterial的基因比human都還要容易預測
→ auymle:而且有commercial的gene prediction的工具嗎? 這我是沒聽過
→ hgsfhevil:我並非不熟,我只是受到生物背景教授的影響
→ hgsfhevil:如同你說的,用到其他的organism上是否一樣有這麼好的結
→ hgsfhevil:果,再來我是希望可以有一個好理由也讓實驗有說服力
→ hgsfhevil:我專長不在genome sequence預測,雖然我講的有偏離主題
→ hgsfhevil:不過如果你有一些fL-cDNA得到的結果跟你預測軟體得到結
→ hgsfhevil:果差不多時,會有一定說服力,如果沒有,當然靠多個軟體
→ hgsfhevil:得到結果是一個好方法,喝,這只是我做預測得到的心得
→ hgsfhevil:不過也限於討論,畢竟不是每個教授都很關注在生物意義上
→ tyhong:細菌基因組定序完成的都有註解基因體多大基？因大約多少個
→ tyhong:細菌大約1 kb有一個基因 所以測量基因體大小即可推算出 出