[問題]如何找到基因的reguatory elements?(緊急求救)

[luke0205 (luke0205)]

請各位大大解惑一下
現在我有段基因 miox myo-inositol oxygenase [bos taurus]
我要如何利用 vista or mvista 軟體去找出其 regulatory elements
such as ORE, tonicity(tone)
還是有其它的網站可以利用
我有問朋友
他說可以從 osmotic response element or tonicity response element 下手
但其它的就不清楚.....但我還是搞不懂
請各位大大知道的話
解答一下
感激不盡!!

--
※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) 
◆ From: 66.27.17.215
推 huggie:第50跟第292篇有幫助嗎?
→ luke0205:謝謝,但還是有些搞不懂.pormoter means regulatory
→ luke0205:elements...? how about ORE or tonicity?
推 huggie:TRANSFAC 不知道有幫助否? 應該是可以找此基因上游是否
→ huggie:有regulatory elements. transcription factor 也有註解
→ huggie:如果有ORE或tonicity相關的應該會寫出來吧！或者是拿已知
→ huggie:的 align 來對對看
推 hajimels:你所謂的regulatory elements是指？cis- or trans-?
→ hajimels:anyway,我猜應該是想看cis-elements拉
推 huggie:請問樓上的意思是 RNA 或 protein regulator 嗎?
→ luke0205:protein regulatory..
推 Zing119:簡單來說 cis- 就是找binding site等motif
→ Zing119:如果你有motif的PWM 就去把每個ORF的promoter掃一下
→ Zing119:有match就代表"有binding的可能性"  再佐以其他資訊
→ Zing119:就可以找出potential target genes了
→ hajimels:感謝樓上替我回答了～
推 huggie:cis跟trans看到我都模模糊糊..常常不知道在講什麼耶..XD
→ hgsfhevil:我拿我的研究來說明,cis 是exonic splicing enhancer
→ hgsfhevil:trans 是SR protein,當SR protein連結到exonic splicing
→ hgsfhevil:enhancer,則幫助splicsome辨識正確的splice site,
→ hgsfhevil:加強剪接作用,而exonic splicing enhancer是在pre-mRNA
→ hgsfhevil:序列上,它幫助exon發生剪接,SR protein是在pre-mRNA序列
→ hgsfhevil:外,不知道這樣解釋,可以理解嗎
推 huggie:樓上的解釋可以理解，不過 cis 跟 trans 這兩個字用途非常
→ huggie:廣，也不限於解釋 regulatory。例如 sRNA regulation 有分
→ huggie:cis-encoded antisense RNA 跟 trans-encoded antisense
推 huggie:RNA 等. 然後 cis 的意思是 sRNA (或 maybe microRNA也有?)
→ huggie:就正位於它所條控的基因的另一股。trans 則指它處。
→ huggie:另外記得有碰過 isomer 也講 cis/trans。
→ huggie:所以跟 context 蠻有關係的..跟老中講陰&陽差不多了.=.=
→ huggie:所以，我真的常常霧霎霎
→ hgsfhevil:其實cis粗略解釋是自發性,trans是相反,如果不是我做這題
→ hgsfhevil:目,說實話,我之前也搞不懂他們的關係
推 Zing119:我以前也是搞不清楚  直到在做相關研究才記清楚的...