Second generation sequencer (例如 selexa) 出來後，因為資料
量太大，傳統 alignment 工具不敷使用，就產生了新需求
發現了新工具，蠻適合 align read to full genomes
http://bowtie-bio.sourceforge.net/
速度非常快！不過也只適合 match < 50 bp 的 sequence
(我沒驗證，只是聽說，有可能是程式限制)
這邊有一些討論。
http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=706&highlight=bowtie
這是節錄上面連結的「見證」
"I recently used Bowtie on my own 4-core, 2 GB desktop to align
14.3x coverage worth of Illumina/Solexa reads from the 1000-Genomes
project to the human genome in a single overnight (14 hours)"
恐怖的速度！！技術是 Burrows-Wheeler transform
http://en.wikipedia.org/wiki/Burrows-Wheeler
(沒研究，不要問我，我只是傳遞消息，懂的人來講解一下 XD)
--
※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)
◆ From: 140.129.160.62