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想請問用過BLASTZ的版友,該怎麼執行BLASTZ@@"" 他的source code: http://bio.cse.psu.edu/ 我看起來應該是在命令提示字元下鍵入 "blastz sequence1 sequence2 C=3 T=2 Z=10 > blastz.out" 但是沒有blastz.exe,附檔名只有.c、.h的 總覺得是我沒安裝好? 我是直接把code下載下來解壓縮。 用BLASTZ會對我的論文幫助甚大,懇請版友能給我一點知識Orz.. -- 這些是我看過的ref! http://www.csie.ntu.edu.tw/~kmchao/seq05fall/BLASTZ.ppt http://genome.cshlp.org/content/13/1/103.abstract http://bio.perl.org/wiki/LAV_alignment_format http://www.psc.edu/general/software/packages/blastz/ -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 218.174.41.39
hajimels:要自己compile 03/30 23:39
cot123:有ncbi包好的吧 @_@ 03/31 00:02
cot123:可以到ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/executables/release/ 03/31 00:09
cot123:抓blast-2.2.20-ia32-win32.exe 03/31 00:09
windincloud:樓上BLAST!= BLASTZ 差一個z差很多~不過都是alignment 03/31 00:21
adu:謝謝版大的回覆,blastz跟blast不同,算是Gap blast的一種 03/31 00:25
adu:請問compile該如何做呢@@? 03/31 00:27
cot123:oh sorry 我沒看清楚 03/31 00:55
cot123:compile的話 我不知道windows下怎麼做 我只知道linux下的 03/31 01:02
cot123:linux下的話 有gcc cpp automake就可以用make這個指令來 03/31 01:04
cot123:compile 方法就是 解開source code之後 在那目錄下直接打 03/31 01:05
cot123:make 就會自己compile好blastz 03/31 01:05
cot123:忘記說gcc cpp automake都是linux下的package 03/31 01:06
cot123:一般當做workstation的機器都應該會有裝 03/31 01:07
cot123:想想 其實不是很確定有沒有需要automake 如果有錯請告訴我 03/31 01:10
windincloud:windows的話 有vc系列的應該都可以complier 不過怕的 03/31 01:35
windincloud:是要是有些套用到perl F77等其他的東西時就得需要用 03/31 01:36
windincloud:minGW or cygwin之類 類unix的os輔助~ 03/31 01:37
hajimels:windows下 google "MinGW" ps. vista下會有點問題 = =+ 03/31 08:49
hajimels:阿 樓上有寫了XDD 那我再補充一個nmake.exe (M$自己的 03/31 08:50
adu:嗯恩!謝謝大家的回答,也謝謝好心的強者幫我架了server 03/31 11:10
adu:我會繼續嘗試用cygwin解決的~! 03/31 11:11
adu:補一個解釋output檔的網頁給來者查詢:) 03/31 11:11
adu:也還在摸索中~~~感謝各位:D 03/31 11:12
windincloud:nmake.exe 記得好像還是要搭配gcc之類的編譯器 03/31 13:15
adu:嗯..那些還真的超過我現在能理解的範圍@@"(btw我是vista orz) 03/31 15:27