→ windincloud:我無法理解你的意思~ ncbi 本來就由第一條開始比呀~ 07/30 02:06
→ windincloud:還是說你要local align? or global align? 07/30 02:07
→ windincloud:想了解那些參數意義 可以先看些align algorithm 07/30 02:08
→ asolitary:我的第一個序列是指兩兩比對出來的第一個蛋白~~ 07/30 02:14
→ asolitary:不是第一條蛋白的意思~~軟體常幫我們加個"-"以達到最好 07/30 02:16
→ asolitary:的相似程度~不過我如果不想要的話~不知道可以怎麼改呢 07/30 02:17
推 roqe:不允許gap產生？ 07/30 02:47
→ asolitary:嗯嗯~~我不想充許gap產生~~直接兩兩從第一個比對下來 07/30 03:22
推 pukka:很簡單 把gap penalty調到超大就行了 重點是你要知道原理 07/30 04:49
推 huggie:gap penalty 調大會不會也不會從前面開始比? 有可能也是中 07/30 11:35
→ huggie:間一段..只是沒有 gap 07/30 11:35
推 pukka:那就要改用global alignment軟體,然後把gap penalty 調大 07/30 21:07
推 angleevil:上面說的是正確的 07/31 07:53
→ windincloud:我會建議不要用ncbi的做~ 他的做法會切成小片段 07/31 10:03
→ windincloud:為了改善這樣的事情 我後來採用wu-blast 參考看看囉~ 07/31 10:04
→ windincloud:我上面那句就是huggie大所擔心的事~ 記得學長有跟我說 07/31 10:05
→ windincloud:可以將window size調整就可以改善 不過後來我還是用 07/31 10:05
→ windincloud:wu-blast來做 還有nogap這樣的參數可以設置 07/31 10:06
推 huggie:wu-blast 已經被買走了，沒法下載囉.. 07/31 11:08
→ windincloud:嗯~ freebsd似乎可以直接用post裝 試看看吧~ 08/02 22:45
→ windincloud:要是還沒法~ 那我找看看我的檔案再放出來下載 08/02 22:46