[問題] 請問該如何將兩個蛋白質的PDB FILE 疊在一起？

[Phaeton (凰呀的鳴叫~)]

手上有兩個PDB 檔案

分別是A蛋白和B蛋白

請問我可以利用SWISS PDB VIEWER做SUPERIMPOSE

（我在GOOGLE有看到可以用FIT 可是沒辦法和C檔案比較）

來看形成COMPLEX的結構？

另外 若已知有COMPLEX的PDB結構檔C

可以再和我自己預測出來的AB-COMPLEX 檔案D與C做比較

並藉由軟體可以得到兩者差異？

PS 這雖然是作業
但是希望有會的版友可以告訴怎麼下手
並且給我一些訊息
關於可以用什麼其他免費的軟體

謝謝

--
※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) 
◆ From: 140.129.77.155
→ windincloud:我記得以前都是手動標的說 有人有好的方法嗎?
→ angleevil:pdb的檔案一直很亂,不過你可以試試看pdb,software
→ angleevil:這兩個關鍵字在google和bind.因為pdb很常用而且又複雜
→ angleevil:所以一定有很多人會分享應用程式,只是看自己怎麼找關鍵
→ kenshin1:VMD
→ rebredoxin:SWISS PDB VIEWER 把兩個結構打開，直接 Fit-->Magic
→ rebredoxin:Fit 即可。這是最方便的方式，若你有特別區域要疊合，
→ rebredoxin:可選Fit molecule (from selection)
→ Phaeton:我後來是用pymol swisspdb也有用 謝謝
→ Phaeton:swiss用的就是樓上的方法