[問題] 晶片分析的小問題

[gsuper (綠色蘇打心)]

請問一下

我手上有   20片 Normal
           20片 Tumor

是 paired data



那我做 preprocessing 時

應該分開做 (2次20片) , 還是一起做 (1次40片) ?


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我是在算 Inference 時想到這個問題

如果一起算

則 pair data 之間的 distance 會被模糊化

但若分開算

則 pair 性質的可靠性會下降


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◆ From: 140.113.239.247
※ 編輯: gsuper          來自: 140.113.239.247      (12/16 19:40)
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※ 編輯: gsuper          來自: 140.113.239.247      (12/16 19:48)
推 tblu:40片要比較就要一起normalize
推 hajimels:40片要一起做normalization
→ hajimels:不知道你是用哪一家的microarray?
→ hajimels:normalization時 一般常用global median或quantile
→ hajimels:做normalization前 要先看一下sample的distribution
→ hajimels:ps. affy的RMA是quantile的normalization
→ hajimels:另外40片很難是同一個batch做出來的 batch要考慮一下

我的是 affy 的晶片 50片
是同一個實驗室出來的

做完 Quality Assessment 後
剩下 44片

然後我跑了  RMA  GCRMA  dCHIP  MAS5
暫時不評估 preprocessing 的好壞
打算最後用四組資料的交集作為結果
然後再評估

所以在分析 Inference 時想到這個問題

因為 preprocessing 實際上的算法有點看不懂
所以不知道到底是怎麼調整的

我想 BGcorrect 和 summation 應該不影響

但 Normalization 滿有可能會出問題
畢竟這個步驟是把 44 片調的更相似
但 Normal V.S. tumor 本來就會有不相似的地方
所以才很疑惑...



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