Re: [問題] ANOVA table 是否能降維? (晶片)

[hajimels (阿一)]

我自己在處理這樣的問題時

在statistical analysis後 會得到one set of differentially expressed probes

這時候如果要處理multi-probes for one gene的問題時

我會先把這些probes collapse為genes 接著回去看在array上這個gene有幾個probe

如果3個probes for one genes，只有1個probe為significant altered

我第一步會先看另外2個probes的abundance如何？

以affy為例 若用RMA or GC-RMA probe value我會希望至少有7 (相對高於background)
如果MAS5的話 就是2^7 但我都用GC-RMA居多

往往不significant常會是2個group中 這個probe的median都很low abundance

如果是這様這個gene我們還是可以當他是sigificant的

但如果在high abundance的情況下
同一個gene 不同probe 會有不同表現那就要抓出來看一下

我比較龜毛一點啦 我這種情形我寧可相信自己在生物上的判斷 而不想去靠統計

仔細去看這些probe的abundance也有助於未來你的validation (e.g. qRT-PCR)

※ 引述《gsuper (統計的巴比倫塔)》之銘言：
: two-way  ANOVA table
: -----------------------------------------------------
:       控制組  控制組  控制組  實驗組  實驗組  實驗組
: row1    15      15      15      400     400    400
: row2    50      50      50      300     300    300
: row3    10      10      10      200     200    200
: -----------------------------------------------------
: 在 交互作用不顯著 時
: 能否進行以下的降維動作?
: 三條 rows 取平均 , 變成 rowPOOL
: ++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
:          控制組  控制組  控制組  實驗組  實驗組  實驗組
: rowPOOL    25      25      25      300     300    300
: ++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
: 或是只有交互作用不顯著的條件仍然不夠
: 需要其它條件
: 還是跟本不能這樣做?
: 誠心請教

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 ★ミ                                       ζ
                                         ○_.
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◆ From: 118.167.196.105
→ gsuper:所以這樣的流程 , 也是屬於其中一個 ProbeSet 顯著 , 就認
→ gsuper:為基因顯著 , 但對於其它不顯著的部份,再加上兩種 criteria
→ gsuper:分別是最低 Intensity 限制 , 和經驗判斷
→ gsuper:我再想想看好了  謝謝囉~~
→ hajimels:最主要的filter在intensity的部分
→ hajimels:其實就算是one probe to one gene也要注意intensity