[問題] open reading finder

[wadasiha (wadasiha)]

請問各位大大

將一條genomic DNA 序列以NCBI ORF 結果如下

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/gorf/orfig.cgi

想請問該選擇哪一條ORF

請問選的是exon最多者或是長度最長者???


謝謝~

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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) 
◆ From: 140.112.183.115
→ windincloud:看不到東西耶~
→ jojojazz:應該是看你的目的,如果是要找較可信的,就參考CCDS及EST
→ jojojazz:evidence, 如果要找major form,一般是找ORFs能轉出最長蛋
→ jojojazz:白質的那條.. 所以還是取決在你的目的
→ jojojazz:註:CCDS目前應該只支持mouse & human
→ wadasiha:http://ppt.cc/73CZ 資料為水稻的某段序列
→ wadasiha:請問是該選擇-1這條frame(因其能轉錄最長的蛋白質)?
→ jojojazz:如果你要找major form的話,直接找最長的
→ wadasiha:繼續點blastp是否就能得知其所比對出來蛋白質呢?
→ jojojazz:是的..