Re: [問題] NGS的SRA資料庫

[windincloud (愛情已死枯如槁灰)]

※ 引述《brasil (巴西小子)》之銘言：
: 大家好~
: 小弟最近在研究NGS方面的問題
: 因為跟先前用過的資料庫有點不太一樣
: 所以有一些基本的問題想要請教各位
: ===========================================================================
: 目標是想要進一步的分析NGS所定序出來的序列
: 1.請問我要如何下載序列
:   我知道在SRA資料庫下載的序列都是.sra檔
:   剛剛稍微研究一下可以利用fastq-dump這個執行檔來轉換成.fastq檔
:   假設我想要研究的主題是人類的whole genomic DNA
:   請問我要如何下載到這些序列
:   (因為我在SRA裡只看的到ACCESSION number，但我不知道這些number是什麼物種)
理論上可以根據ACCESSION number 反查到物種名稱啦~

: 2.在.fastq檔裡有一個欄位是spot，請問這是代表什麼意思?
: 3.在.fastq檔裡有很多條序列
:   EX:
:   @SRR096072.lite.sra.1 FVUWOJD02F4NLA length=255
    只是說明是編號&取得到的長度
:   ATCG......
    NGS所得到的SEQ
:   +SRR096072.lite.sra.1 FVUWOJD02F4NLA length=255
    只是跟第一行的ID是一樣的
:   FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFIIIIIIIIIIIIIII...
    序列每一個NT的Quality 不同的符號有不同的代表意義

    簡言之:
    FASTQ是四行為一組
    第一列&第三列理論上是一樣的東西,要做的是這兩行的ID是否一樣
    第二列為NGS序列本身
    第四列則為序列中每個相對應的NT的Quailty

:   @SRR096072.lite.sra.2 FVUWOJD02G1J77 length=290
:   ATCG......
:   +SRR096072.lite.sra.2 FVUWOJD02G1J77 length=290
:   FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFIIIIIIIIIIIIII...
:   @SRR096072.lite.sra.3
:           .
:           .
:   @SRR096072.lite.sra.4
:           .
:           .
:   @SRR096072.lite.sra.5
:           .
:           .
:           .
:  請問我該如何讀這些序列?
:  是@SRR096072.lite.sra.1 繼續接 @SRR096072.lite.sra.2
:  繼續接@SRR096072.lite.sra.3 一直下去這樣嗎?
:  抱歉問題有點多，有勞各位了!!

其它就給其他強者說明啦~

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