[工具] 如何知道 BLAST output 所屬的species

[Zing119 (Mr.ㄡ)]

請問BLAST的小問題



我現在想要知道我用blast之後 (against nr database)

所output出來的每條sequence 各是屬於哪個species




我知道如果用default的output format

他會秀出  >gb|AAT93342.1| YPR002C-A [Saccharomyces cerevisiae]

裡面就會包含species的資訊



但是如果我想要用-m 8這種 tabular 的output format

就只會得到

sp|Q06127|YL334_YEAST   gi|74644934|sp|Q06127.1|YL334_YEAST     100.00  126     0       0       1       126     1       126     8e-48    193
sp|Q06127|YL334_YEAST   gi|74644557|sp|Q96VH1.1|YC018_YEAST     73.44   64      15      1       14      75      21      84      2e-06   55.8
sp|Q06127|YL334_YEAST   gi|158564315|sp|Q6B0V7.2|YPR02_YEAST    68.75   64      18      1       14      75      2       65      2e-04   49.7
sp|Q06127|YL334_YEAST   gi|51014097|gb|AAT93342.1|      70.31   64      17      1       14      75      2       65      2e-04   49.7

第二欄這樣的id

雖然有些可以從id直接看出species

但仍有許多無法直接辨識

我想請問是否有人知道如何讓blast output出簡潔的資料 但又要包含species的資訊



又或者

gi|74644934

這個GenBank Identifier該要如何轉換呢?

是否有tool或是對應表?



感謝!!



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※ 編輯: Zing119         來自: 140.109.22.146       (06/07 03:03)
→ windincloud:我用很笨的方法是自己先paser subject的fasta 抓對應
→ Zing119:但我是比對NR database 並不是自己的database..
→ windincloud:昨天我有幫你看過~ 不管新舊BLAST都沒這功能 tool我記
→ windincloud:得好像有 要找看看......
推 daniel0523:還是用python,perl寫parser把default format裡的資料
→ daniel0523:一個個抓出來呢?,比對gid找species應該也是要寫parser
→ daniel0523:把需要的資料撈出來,感覺怎麼作還是得寫parser..
推 uper:用bioperl parse你要的資料 會很有效率的
→ phycomp:-outfmt '6 sseqid'看是否可以帶出來