Re: [問題] 電腦模擬蛋白質製藥的需求?

[s122s91 (lo)]

如果你用現在上市的藥,
用電腦模擬去算,分數一定不是最高的

如果把電腦設定成"上市藥物"為最高分的參數,拿來跑,設計出來的藥物,活性通常不高

我想這就是困境。
不知道到現在為止,有沒有藥物是真的由模擬出來的。

電腦模擬就是模擬,不一定準。

※ 引述《piimaila (肥仔)》之銘言：
: 想請問, 蛋白質製藥預測的整體解決方案
: 例如:
: 利用電腦軟體預估 以下課題
: 多醣體抑制癌症能力(中研院)
: 這種是否有實用性和市場?
: 或市面上已經有類似廠商?
: 當然, 這只是預測, 不可取代人體實驗 動物實驗等
: 但可以大量的減少實驗範圍.
: 弊人想投資類似公司, 但是由於才疏學淺
: 故來此詢問各位先進和專家, 這類型的服務是否有前景呢?

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◆ From: 114.35.116.226
推 c00jsw00:同感
推 puec2:同意。但是有些binding pocket看得到，卻很難設計assay。
→ puec2:這時候只能靠電腦模擬找出最佳的結構了。
→ puec2:好多年前有一個德國的group號稱找到一個新的binding pocket
→ puec2:可以用來設計藥物治療flu，好像也沒有聽見後續成果出來 XD
→ piimaila:事實上, 大部分用電腦模擬 僅限論文, 而事實上是可用
→ piimaila:在低成本取代高通量篩選上, 電腦模擬目前會沒成果
→ piimaila:大多是製藥門檻實在過高, 模擬者又大多是學生之流
→ piimaila:自然不太會有啥成果
→ piimaila:只是, 光以物理學來說, 電腦模擬是可行的, 目前只卡在
→ piimaila:需要動物實驗人體實驗等, 做為初步篩選理當可行才是
→ piimaila:如果結合醫藥生技, 理論上應可以做製藥的前端不是?
→ piimaila:就是讓藥物都已經理論確定, 藥廠只要做動物和人體實驗
→ puec2:大藥廠也有在做預測啊，但是你最後還是要跟HT篩到的藥一起比
→ puec2:因為後續實驗的成本太高，時程太長，加上科技日新月異。
→ puec2:HT的效率越來越高。電腦預測相對就沒有優勢了。
→ puec2:在前端捨棄HT節省的成本，可能在後面細胞實驗或者動物實驗
→ puec2:就要吐出來。HT篩到的藥經過最佳化後通不過動物實驗的也很多
→ puec2:但是預測的方式可以給我們一些information 比如大概哪些
→ puec2:core structure的compound比較有希望 當你在看HT篩出來的結
→ puec2:果的時候，就會心裡有底
→ puec2:甚至一個compound在HT篩到，電腦又預測到，那就很有希望了
推 echo:HT跟Modeling都只是藥物設計的一小段....後面還有漫漫長路...
推 echo:相對的後面有太多的ADMET-directed structure modification
→ echo:由於跟enzyme binding無關，不論是HT或Modeling都看不出來~
推 puec2:所以我說如果piimaila您的公司可以把這個系統做得又快又好
→ puec2:大廠不止會外包他們的計劃 甚至會直接買斷您的公司
→ puec2:但前提是您的公司要有獨門技術，不能只是買套裝軟體回來跑..
推 HOHO0220:Accelrys
推 piimaila:瞭解了^^ 感謝各位先進的回答
→ piimaila:對了 我想問一下, 為啥要重複做呢? 電腦預測事實上
→ piimaila:是採用簡單的物理原則而已, 換言之, 電腦預測不到
→ piimaila:或者說預測試失敗的藥物, ht無論如何此藥物也不可能
→ piimaila:結合成功不是? 所以如果電腦預測夠快, 應該在ht之前?
→ piimaila:甚至可以說, 電腦預測成功ht就必定成功, 這樣若電腦預測
→ piimaila:速度比ht快, ht就可以不用做不是?
→ piimaila:ht預測成功的範圍, 有可能小於電腦預測的範圍嗎?
推 puec2:這是很好的問題。問題有兩個：
→ puec2:1. 用來做model的蛋白質結構是否完全正確？
→ puec2:2. 你的資料庫裡面的compound是否足夠多？
→ piimaila:恩, 換言之, 電腦預測要實用, 前提必須蛋白質完全正確
→ piimaila:且配體要夠多且正確, 我可以這樣理解嗎?
→ piimaila:如果能達到以上兩點, 事實上HT可以完全不做, 如果不能
→ piimaila:ht還是無法省略的程序. 是否如此呢?
推 puec2:理論上是這樣。但是你還要考量compound-protein binding
→ puec2:的環境，subcellular localization，其他protein的參與
→ puec2:modeling省略的東西太多，HT則是直接找有活性的compound
→ puec2:我是不認為最終有用modeling取代HT的一天。
→ puec2:還有，你也必須要先知道那個pocket真的是重要的 XD