Re: [問題] 電腦模擬蛋白質製藥的需求?

[s122s91 (lo)]

複方的問題,我覺得可以這樣來討論,如果compound[1] 結合到 binding site [1] 後,整體結構(protein+compound)可能改變,這時binding site [2]可能改變結構,原本設計的compound[2]就無法結合入原本binding site [2],那是不是空談…..我想到的方法是compound[1] 結合到 binding site [1] 後,整體結構(protein+compound)先結晶打x-ray確定binding site [2]有無改變,再往下做,還要考慮binding環境

另外binding環境的問題,雖然是模擬體內的環境,但是是套用protein的x-ray結晶構型,要如何確定protein在體內的環境變成什麼構型才是重要…….
舉個例子…如果protein結晶時會露出active site,但在體內的環境時因構型改變, active site給一個amino acid蓋住了….那你怎麼算都不會正確….

電腦模擬我想是藥物開發的工具之ㄧ,至於能夠利用到什麼程度就看擬真度高不高了….

※ 引述《piimaila (肥仔)》之銘言：
: 稍微整理一下目前討論結果
: 如果想要廠商接受
: 電腦實現高通量篩選要可行必須有
: 1. 配體(化合物, 藥物)夠多, 也就是目標應該定在 縮小傳統HT的範圍.
: 2. 由於目標是1 所以速度必須遠高於廠商能夠取得的HT機器之速度.
: 3. 由於是縮小傳統HT的範圍故價格要低於縮小HT範圍所得到的價格效益
: 但是, 如果另一方向想,
: 如果 能找到一個各方人才的團隊(主要是生技, 資訊人員)
: 開發出目前市面上疑難雜症的藥物, 該症目前可能宣稱為不治之症或慢性病
: 當然, 不可能是治癒, 但是理論上可以控制.
: 舉例說明: 紅斑性狼瘡, 第二型糖尿病, 痰湿型肥胖症
: 該藥物群"僅"通過電腦篩選. 這樣, 這些資料是否有市場呢?
: ※ 引述《s122s91 (lo)》之銘言：
: : 如果你用現在上市的藥,
: : 用電腦模擬去算,分數一定不是最高的
: : 如果把電腦設定成"上市藥物"為最高分的參數,拿來跑,設計出來的藥物,活性通常不高
: : 我想這就是困境。
: : 不知道到現在為止,有沒有藥物是真的由模擬出來的。
: : 電腦模擬就是模擬,不一定準。

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◆ From: 27.243.22.129
→ ljii:不只是這些, 問題太多了
推 puec2:其實這邊也可以看出生物人的思維方式和CS的思維方式的不同
→ puec2:BIO人認為生物現象沒有一定，萬事皆可能。CS則是需要一個
→ puec2:"確定"的答案。所以當pii大認為可以根據ooo xxx進行預測，
→ puec2:bio的人就會跳出來說ooo xxx都還不確定耶。
→ piimaila:我知道答案不可能確定阿, @@ 我只是想比較傳統HTS而已