Re: [問題] 電腦模擬蛋白質製藥的需求?

[ljii (是否)]

※ 引述《piimaila (肥仔)》之銘言：

: 恩, 這樣 用電腦預測和用HTS的預測差在哪裡呢?
我前一篇文章其實有解釋,但也許不夠清楚
以下建立在前文所提到的原理中,
電腦模擬的是純化後的蛋白結構的資料,
HTS測試的是well裡面的細胞, 無論是細胞均質或是活體細胞,
端看assay如何建立

兩者相比, HTS測試的條件更接近活體內狀況

也就是電腦模擬出100個hit, 跟HTS模擬出100個hit,
兩者都會有大量的偽陽性, 但電腦模擬因為離活體更遠,
所以偽陽性"應該"更高, 也就是那100個hit最後驗證為真的機會"應該"更低

事情當然都有例外,
也許電腦篩了100個hit中只有一個為真但那個就剛好是下一個glivec
而HTS篩了100個hit中有10個為真但都通不過toxicity
這也不無可能

但在還沒開始作實驗前, 大多數人會選擇勝率較高的那種方法(前提是不要太貴)

一個巨大的HTS的確很貴,這也是電腦模擬可以切入的點
但如果同樣是受限於資金,
多數PI可能會選擇作小規模的screening,
也就是screen一百萬個藥裡的一個subset
也許是同類型的小分子1000個,
也許是同機制(如kinase inhibitor)1000個之類的
"感覺上"勝率還是比電腦模擬高. 因為assay是活體細胞



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◆ From: 137.131.236.158
推 puec2:1000個裡面可能可以找到4,5的micromolar級的compound XD
→ puec2:*4,5個
→ puec2:電腦ㄍㄧㄥˋ誒1000個裡面可能找不到一個現實中能用的
→ ljii:沒錯, 這就是重點. micromolar也無妨, 之後可以optimize SAR
→ ljii:但最怕的是結果是什麼都沒有. 電腦模擬出來結果assay沒差異
→ puec2:電腦可能要從100000個裡面才可以挑到幾個比較能用的
→ puec2:這就是原原po所設想的切入點吧
→ puec2:但是這些所謂可用的 是針對一般學校的實驗室發paper用..
推 lingon:跑這種電腦程式只需要一小群人, 就就業市場而言需求不大
→ piimaila:恩, 我倒不覺得電腦分析如此不濟, 況且, 電腦分析並非
→ piimaila:亂槍打鳥, 如果妳真的拿來製藥的話, 是有專門的做法的
→ piimaila:但是, 由於我對HTS理解不深, 對電腦分析也僅只於程式
→ piimaila:所以, 我目前可能對此事談投資言之過早, 需再研究
→ piimaila:畢竟隔行如隔山orz, 感謝大家解惑
→ ljii:加油, 你的執著的精神還蠻讓人欽佩的, 其實你們技術只要好
→ ljii:的話一定找的到適合的niche.只是就目前看來不在HTS上就是了