→ vixen:確認切位不一定非要在Pro那邊,左右兩邊都能用 10/04 08:02
推 water721:大感謝 我自己在用用看~PS:vector→pcDNA3.1(+)APP 10/04 10:32
※ 引述《water721 (水)》之銘言：
: ※ [本文轉錄自 Biotech 看板]
: 作者: water721 (水) 看板: Biotech
: 標題: [求救] primer 設計
: 時間: Fri Oct 3 20:13:17 2008
: mutagenic primer design
: 目標:將proline變成alanine或glycine並設計出一個切位用來確認
: TGTC ACC CCA GAG GAGC
: ACAG TGG GGT CTC CTCG
: --- --- ---
: a.a T P E
: 我是利用invitrogen NTI不斷更換三個codon最後面的鹼基
: 但是都沒有找到適合的切位 只有很罕用的切位
: 想請教板上常設計primer的人幫幫忙
: alanine:GCA glycine:GGA
: GCT GGT
: GCC GGC
: GCG GGG
工具不對, 不是你功力不足, 請愛用Webcutter的Find sites which may be
introduced by silent mutagenesis 功能,還有,問這種問題不附上Vector資料很難回答
http://rna.lundberg.gu.se/cutter2/
變成G:
ValThrGlyGluGlu
gtcaccggggaggag base pairs
gtnacnggngargar 1 to 15
可切酵素 切在第幾bp 辨識序列
AgeI 4 a/ccggt
BpmI 10 ctggag
BsaJI *5* c/cnngg
BsaWI 4 w/ccggw
Bse118I 4 r/ccggy
BseDI *5* c/cnngg
BsrFI 4 r/ccggy
BssAI 4 r/ccggy
Cfr10I 4 r/ccggy
GsuI 10 ctggag
PinAI 4 a/ccggt
SgrAI 4 cr/ccggyg
變成A:
ValThrAlaGluGlu
gtcaccgctgaggagc base pairs
gtnacngcngargar 1 to 15
BsaJI 5 c/cnngg
BsaOI 8 cgry/cg
BseDI 5 c/cnngg
Bsh1285I 8 cgry/cg
BsiEI 8 cgry/cg
BstDSI 5 c/crygg
BstMCI 8 cgry/cg
BstSFI 5 c/tryag
BstZI 5 c/ggccg
Cfr42I 8 ccgc/gg
CfrI 5 y/ggccr
DsaI 5 c/crygg
EaeI 5 y/ggccr
EagI 5 c/ggccg
EclXI 5 c/ggccg
Eco52I 5 c/ggccg
Eco57I 13 ctgaag
KspI 8 ccgc/gg
MspA1I *7* cmg/ckg
NspBII *7* cmg/ckg
PstI 9 ctgca/g
PvuII 7 cag/ctg
SacII 8 ccgc/gg
SfcI 5 c/tryag
Sfr303I 8 ccgc/gg
SstII 8 ccgc/gg
XmaIII 5 c/ggccg
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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)
◆ From: 128.138.171.189