Re: [問題] 生化考古題的簡單問題

[blence ( )]

※ 引述《gsuper (綠色蘇打心)》之銘言：
: : b.RR (DNA重組修復)
:   RR通常是在處理double strand breaks
:   可以請問一下原po是在哪本書查到RR可以修復 UV-induced DNA lesion嗎??
: ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
: 我是看補習班老師　
: 莊老師的講義自己整理出來的結果
: E.coli　在　DNA replication　時
: 會有兩種以上的RR
: 1.recBCD : 針對SSB在DNA複製的時候變成DSB 因而啟動 RR
: 2.recFOR : 針對DNA複製時的　DNA lesion
: 　　　　　 因為缺乏至少一股正常的　修復條件　
: 　　　　　 一般的修復機制無法使用
: 　　　　　 所以利用另外一股子代　
:            做reverse branch migration
:            先把正常的子代DNA做出來
: 　　　　　 再用子代DNA修復親代DNA

   不必E coli，在human系統就是
   UV lesion或進一步形成的nick在S期造成replication stalling
   這時leading無法解開，但是lagging strand collapse引發DSB
   這時候就與homologous recombination有關


: : c.DNA photolyase
:   這個也可以, 但是胎盤哺乳類(包括人類), 沒有這種酵素
: ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
: 　人類好像有　只是非常少．．．
: : d.BER
:   BER"通常"(major pathway)只會切掉一個"base"(所以才叫 Base Excision Repair)
:   但是BER有一個minor pathway 會把一小段的nucleotides flip out
:   關鍵就在這個minor pathway
:   因為在major pathway中, T-T dimer 是不可能被去掉的
:   (只處理一個base, T-T dimer 已經牽涉到兩個base, 而且沒有適合的酵素)
:   所以就要看在minor pathway中, 有沒有可能把T-T dimer一次翻掉
:   不過我覺得這樣的解釋很牽強, 有點像知道答案以後硬湊的說法
:   而且一般教科書也不會提到 minor pathway
:   所以如果是複選 D 我也會選, 但是單選的話就只挑E

   講minor很奇怪，至少很多人是以indirect/direct SSBR來稱呼你所謂的ma/mi BER
   上述的說法有可能，但是難以找到明確的機制
   另一種可能的解釋是現今已發現一種Pyrimidine Dimer Glycosylase
   PDG可以辨識UV-induced CPD，並且透過下游APE1(也就是經過BER路徑)完成修復
   對了，Trevigen就有賣這個酵素

: : e.Alkytransferase
:   這個一定不行 T-T dimer 跟 Alkylation 沒有關係
: : e : 我不確定甲基化傷害是否會造成 crosslink 然後被Alkytransferase修復
:   不會
: : 剛剛辜狗了一下
: : e 選項的酵素可以帶入
: : O6MG methyltransferase
: : 而O6MG屬於DNA lesion的一種 (雖然不知道為什麼)
:   因為G的O6 position 被methylated了, 就少了一個可以形成H-bond的位置
:   通常G是以3個H-bond pairs to C
:   如果O6metG沒被修復的話, 在經過replication後
:   O6metG就會變成跟T配對(原來是C)
:   然後再經過一次replication 這個T又跟A配 這樣兩股DNA的sequence就全變了
:   簡單說(H-bonds我都用-簡化):
:   G-C  ----> O6metG-C ------------> O6metG-T -------------> A-T
:   正常                replication             replication
:   (這裡說明得很糟, 希望看得懂)
:   O6metG methyltransferase的作用, 就是去除O6上的methyl group
: ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
: ｏｋ　看的懂

   很清楚
   一般來說G:C比G:T的效率與穩定度大概是10^n：1，n至少大於三
   但O6-meG:C與O6-meG:T為近乎一致的1：1，因此pol放錯機率大增


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◆ From: 123.193.237.135
推 freiburg:應該是我看的paper太舊(2000) 才會用major/minor
→ freiburg:這樣的名稱 不過剛剛順手查了幾篇比較新的review
→ freiburg:倒是看到了long/short patch 這樣的說法
→ freiburg:anyway 反正大家知道意思 也感謝b大指正
→ freiburg:另外b大提到的PDG 因為之前沒有聽過
→ freiburg:但是既然已經發現這種酵素 那我覺得用PDG來解釋
→ freiburg:UV-induced DNA lesion 可以用BER修復
→ freiburg:會合理的多
→ blence:我也是稱呼long/short patch的,但自從上次有個號稱專家的教
→ blence:授說BER是glycosylase移除base之後補上新base,而LP/SP則是
→ blence:另一個稱為excision repair的機制後,我就很不愛用LP/SP說法