[問題] primer extension

[drave (( ￣ c￣)y▂ξ)]

【問題】：
對於primer extension的步驟有點疑惑

1. 先從感興趣的DNA轉出transcript

  5'▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ 3'  RNA

2. 在transcript的某個位置hybridize with labeled primer
   然後做reverse transcription

  5'▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ 3'
                3'▁5'  <--primer

           ↓

  5'▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ 3'
  3'▁▁▁▁▁▁▁▁5'


3. 轉錄出來的片段拿去跑電泳

4. 問題來了 接著是marker...
   書上說的不太清楚
   是用同樣的primer對????定序
   拿來和剛剛跑出來的片段做比較即可知道transcript的5端在哪






問題一: 第四個步驟 marker是哪裡..........
        是指對extension部份做定序嗎???

問題二: primer的互補端應該要為已知吧? 不然這樣怎麼bind到上面
        既然是已知那不就代表序列也為已知=.=???
        還是說只是隨機找到一個已知片段所以想知道它轉錄起始點為何?


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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)
◆ From: 114.33.55.37
※ 編輯: drave           來自: 114.33.55.37         (11/11 18:54)
推 jason0919:我不確定書上寫什麼 但是要算DNA product長度可以跑電泳
→ jason0919:這樣就知道你RNA transcript的5'端啦
→ jason0919:另外 這個方法的限制是 你本來就要知道其中一部分的序列
→ jason0919:才能設計出反轉錄的primer
→ drave:所以直接拿extend出來的去定序就好了= =?
→ drave:然後用一樣的primer去對原本的cloned DNA做定序 做為primer
→ drave:是這樣嗎
→ drave:                                          打錯是 maker
推 vixen:我朋友天天做, 但是我看不懂你的問題1, 問題2是要已知
→ drave:冏...
→ drave:問題一簡單來說就是 用primer跑出來片段之後 下一個步驟
→ drave:是什麼
推 datro:找起始點 然後 這是以前的方法 會跟定序膠一起跑 可知base
推 abc0:primer跑出來以後就是普通的sequencing啊
→ JanChang:primer跑出來的product接下來通常就是電泳或是定序。