超級電腦「基因配對機」 破解密碼最「內行」
本報系專用紐約時報特稿 前一陣子因人類基因圖譜初稿公開，而聲名大譟
的美國瑟雷拉公司，最近買下華裔電腦專家余光義博士設計的超級電腦「基因
配對機」。
如果有人問「帕拉塞爾」（Paracel）公司華裔總裁余光義博士，採買該公
司特別設計的超級電腦是那些政府單位，他一律含糊其詞，只說是聯邦政府。
然而，六月份斥資兩億五千萬美元買下帕拉塞爾的「瑟雷拉」公司總裁文特
可不那麼迂迴慎重，他說，帕拉塞爾的機器是賣給國安局的，專門用來滲透別
的國家，破解密碼。
帕拉塞爾的電腦，特別適用於由文件中篩選特殊字眼、詞彙或是字串，但是
，帕拉塞爾電腦科技還可以用來破解另種密碼－基因密碼。因為據余博士說，
基因序列與文字「都是字串」。
生物資訊學要處理的資料量如此龐大，一般電腦碰到時只能求饒。科學家為
研究一組特殊的去氧核醣核酸（ＤＮＡ）序列，可能得找遍整個人類以及其他
動物、細菌的基因庫，來尋找類似的序列，而新的基因資料公布後，各公司必
須儘快分析，率先發現，才能保住智慧財產權。因此，帕拉塞爾電腦科技因而
變得很醒目。
電腦每十八個月便加快一倍，但是基因資料成長得更快速，例如公立的去氧
核醣核酸序列資料庫「基因銀行」(GenBank)最近六個月內，便把資訊量增加
到八十六億件以上，成長不止一倍。
ＩＢＭ估計，到二○○二年以前，生命科學領域的電腦軟硬體商機會成長到
卅五億美元。為此，「昇陽微系統」與「康柏」兩家電腦科技大廠也投入研發
相關產品，如超級電腦與伺服器等。
然而，帕拉塞爾的電腦「基因配對機」（Ge neMatcher）是專為基因組研究
者設計的。該機器使用七千枚處理器，排列的方式最適合把字串比對出來。成
長於香港、台灣及馬來西亞，擁有加州理工學院電腦博士學位的余光義把這種
處理方式比擬為序列裡的每個字母在一條橡皮水管裏流動，要研究的資料就好
像水流經水管，字母流動頻率為每秒鐘三千萬個，各個處理負責檢查每個流過
的字母是否符合配對條件。
基因配對機並不便宜，定價每台卅六萬美元，然而余博士說，就設計的目的
而言，它比配備「奔騰」（Pentium）中央處理器的電腦，快上一千倍，所以
很划算。