Re: [問題] 有關序列分析, 要用到生資概念......

[kontracello (隱藏的華麗深奧)]

※ 引述《malate (陶波湖上舞煙波)》之銘言：
: 我手上有一個基因完整的蛋白質序列
: 其中有幾個胺基酸構成一個motif
: 此種motif在這一個片段中重複了數次
: 我想找其他生物的各類基因中是否也有此類似的情況發生(motif序列相似的情況下)
: 各位大大知道有哪幾個平台可以做這樣的分析嗎

推薦一個簡單的作法, 通常你想要做的事別人已經想過了 :P
所以找現有的應用程式會快些

1. 裝 EMBOSS 在電腦中 (http://www.emboss.org)
很不幸的 (或是說很幸運的 :P)
EMBOSS 沒有 Windows 版本, 弄一台 Unix 電腦來吧

2. 裝你想要用的 database (ex. swissprot, trembl, nr ...etc)
(如果有人有提供 EMBOSS 的服務那更好, 如果對 unix 不熟的話)

3. 使用 patmatdb 功能
(http://emboss.sourceforge.net/apps/release/4.0/emboss/apps/patmatdb.html)
找你要的 Motif

4. 接下來的分析可以使用 clustalw 之類的 ...


對了, 有沒有人也喜歡用 EMBOSS 的啊 ^^

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Domine ad adjuvandum me festina.

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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)
◆ From: 140.109.91.184
推 chhuang:那自己裝個 SRS 就好啦...
推 kontracello:抱歉, SRS 是啥 ?
推 starcloud:最近在玩geneious 推一下http://www.geneious.com/
※ 編輯: kontracello     來自: 140.109.91.184       (08/20 23:44)
推 kontracello:看了一下 geneious, 有幾個簡單的功能居然要錢 ..
→ kontracello:不過整合性的性質看起來不錯, 介面也漂亮
→ kontracello:部分功能也像 ncbi toolkits
→ kontracello:拿來當 client 不錯, 可是實際上工作就不行了
推 lingon:要做什麼, 自己寫吧...
推 malate:感謝大家提供的意見,有結果再來跟大家報告我的方法~~
推 chhuang:SRS學術用是不用錢的 玩玩看 EBI's SRS http://srs.ebi.uk
→ chhuang:需要安裝、或是客製化.找我們公司 XD