[請益] 關於基因專一性探針的問題(gene-specif …

[transmore (小次郎)]

※ [本文轉錄自 Biology 看板]

作者: transmore (小次郎) 看板: Biology
標題: [請益] 關於基因專一性探針的問題(gene-specific probe)
時間: Mon Apr 30 22:05:46 2007

因為實驗的需要

我要設計專一性的探針

用來分離、確認相似度非常高的基因(植物的gene family)

相似度高到約1000bp的基因只有約5個mer的差別

要找出大片段的差異區來設計probe是不可能的

但是如果在20bp的區域中有兩個mer的差異

這樣的probe能分辨不同的基因嗎?


舉例來說

如果我有兩段序列如下

   1.***********GATGGTAGAGTGATACAGAC****************
   2.***********GATGATAGAGTGATTCAGAC****************
                    ^         ^

*表示完全相同的序列

如果我設計的probe是與1號序列完全配對的20個mer
用這樣的probe去篩選時
會黏到2號序列嗎?

又..如果會黏
我加高wash的溫度..可以讓他從2號序列洗下但還是黏在1號序列上嗎
如果加高溫度是可行的
那我要如何計算這樣不完全配對時的Tm值?
是直接扣掉那兩個沒配對的地方來計算嗎?

因為我沒有這方面的經驗
怕這樣小的差異..沒辦法讓我分離這兩個基因
想問問各位先進的看法如何

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◆ From: 61.219.63.189
※ 編輯: transmore       來自: 61.219.63.189        (04/30 22:14)

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◆ From: 61.219.63.189
推 aggaci:若只是想看量的差異, 可以試試QPCR
推 transmore:不是要看量的差異..是希望做southern時..只會黏到1號
→ transmore:而不會偵測到2號
推 nixo:我認為可以拿real-time PCR作SNP實驗的方法。只有1mer都能測
→ nixo:用southern就要考慮這兩個基因含旁邊的區域，用限制酶切有無
→ nixo:差別，否則probe不同也沒用，因為差異太小電泳位置分不出來
→ nixo:參考關鍵字allelic discrimination
推 transmore:是的..我是要用限制?切genom 再跑電泳
→ transmore:先謝謝樓上的建議..我去找找Allelic Discrimination
推 transmore:要做Allelic Discrimination 的probe好像很貴><