推 meiosisLin:這個方式不錯～不過記得有長度的限制，太長找不到 05/20 21:58
推 Ice9:推！很實用！ 05/21 02:12
※ 引述《[email protected] (讓開!!肥兔來了!!)》之銘言：
: 找到一篇PAPER但上面的方法用的是大鼠的primers
: 我這邊用的卻是小鼠= ="
: 請問各位大大
: 二者的primers可以共用嗎?
在此推薦NCBI的electronic pcr軟體
他有兩種方向(forward/reverse)的使用法
forward e-PCR是根據所提供的DNA sequence或是accession number尋找STS
reverse e-pCR是根據所提供的STS尋找可Mapping到的sequence
在這個例子中可以使用reverse e-PCR
點進去後先在上方dataset選擇你是要小鼠的transcriptome還是genome
然後我習慣使用table input
輸入Label(你給的命名), First primer, second primer, size(預計的大小)
底下的STS size deviation以及alignment quality就看你希望的嚴謹程度調整
我個人建議都使用最大值以得到最多的可能性
按下search後等他呈現結果
若是hit數為零,則可能在你的嚴謹程度條件下該primer放大不出預計size的片段
若是有hit到,則可觀察missmatch以及gap的程度而得知該primer的專一性
這個軟體目前內建有人類、大小鼠、果蠅、阿拉伯芥等8個物種的資料
提供你做參考
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※ 編輯: soom 來自: 140.129.77.155 (05/20 15:59)