→ leondemon:謝謝你 這我有看過了 但是沒有得到解答耶 ^^" 10/07 23:02
→ leondemon:目前我有找到資料寫可以兩端定序 大約36bp左右 10/07 23:03
→ leondemon:但是每個如何移除那個fluorophore 則不知道 10/07 23:04
→ leondemon:那個特殊核甘酸結構還是未知 只知道是有屬於私有財產 10/07 23:05
推 kittypudding:它沒有在配對後停止啊,是一直做到完,只是很短 10/08 01:04
→ kittypudding:通常人家專利的東西,不會把所有的都講清楚吧. 10/08 01:05
推 sGoat:怎麼我的理解是可以做兩端定序,每秒大於36bp以上 10/08 08:23
→ sGoat:每個cell可以提供每秒總數>3Gb的訊號... 10/08 08:24
→ sGoat:他是配對一個核甘酸後停止,每次配對都會結合上一個核甘酸 10/08 08:26
→ sGoat:至於方法不是對核甘酸進行modify就是對polymerse... 10/08 08:27
→ sGoat:可能利用短時間heat shock的condition配合擴增 10/08 08:28
→ sGoat:至於為何兩端可以定序只是因為某一片段有兩份copy以上的話 10/08 08:31
→ sGoat:剛好使用到不同的adapter與cell上的adapter結合,判讀後得知 10/08 08:32
→ sGoat:它好像沒有說到可以同時對cell上某一個well裡的片段 10/08 08:33
→ sGoat:同時進行兩端序列的讀取... 10/08 08:33
→ leondemon:sGoat會不會把Solexa講的太神了呀？ 10/08 13:49
→ leondemon:另外回kitty 專利的東西在申請的時候必須要講清楚 10/08 13:52
→ leondemon:我找到資料對於該核甘酸的技術 是用私有財產的字眼 10/08 13:52
→ leondemon:所以很有可能沒有申請專利 只是沒人能知道那是什麼原理 10/08 13:53
→ leondemon:Solexa最主要是能夠一次定序5千萬種不同的DNA分子 10/08 13:57
→ leondemon:每個分子只要定序一端20個以上nt 就可以產生unique tag 10/08 13:58
→ leondemon:再去比對基因體序列資料庫 就知道這片段來自哪裡 10/08 13:59
→ leondemon:我目前看到介紹好像是可以一邊定序到36nt 可能不是極限 10/08 14:00
→ leondemon:所以一次可以定1.5 Gbp 若是兩邊定序可達3 Gbp 10/08 14:01
→ leondemon:他每bp定序是一個cycle 光要掃描5千萬colony就要很久 10/08 14:03
→ leondemon:掃完後 不知道是用什麼chemistry 將block的fluorophore 10/08 14:04
→ leondemon:自核甘酸尾巴移除 然後可以進行下一個cycle 10/08 14:04
→ leondemon:但是木前就是找不到那個特殊修飾核甘酸的結構和原理是啥 10/08 14:05
→ sGoat:另外,他每一次cycle是使用CCD camera take一張不用幾秒 10/08 16:03
→ sGoat:就類似microarray的cell以點圖方式呈現,所以五千萬算小菜 10/08 16:05
推 sGoat:更正,是第七頁... 10/08 16:07
推 cryosakura:長度問題:現在有兩種kit，分別定18及36個base的長度 10/08 21:24
→ cryosakura:要定兩頭則要用pair-end的kit 10/08 21:25
→ cryosakura:要做pair-end時，要先把一端36base定完 10/08 21:28
→ cryosakura:把序列倒接，再定另一頭 10/08 21:29
推 cryosakura:還有，請不要叫cell，那叫做cluster 10/08 21:40
推 cryosakura:真要叫的話也只有flow cell，上面有8個lane 10/08 22:25
→ cryosakura:利用cluster station將cluster長在上面 10/08 22:26
推 cryosakura:solexa是利用SBS(synthesis based sequence)的原理 10/08 22:30
→ cryosakura:因此單一cluster一個cycle只加上一個base 10/08 22:31
→ cryosakura:再拍四張照片分別detect ATGC上帶有的不同的訊號 10/08 22:33
推 cryosakura:就可以得知這一個cluster在這個base是A or G or C or T 10/08 22:38
→ cryosakura:就如我說的，他是一個flow cell，因此每一個cycle之間 10/08 22:40
→ cryosakura:會pump藥劑將螢光訊號去除，並wash才進行另一次的cycle 10/08 22:42
推 cryosakura:藥劑只寫了Cleavage Reagent，所以我也不知道他是什麼 10/08 22:48
→ leondemon:還是很謝謝sGoat大的資訊 另外也謝謝cryo大的分享 10/09 00:08
→ leondemon:我原本想說36個cycle還要用天數來算 以為是用scanning 10/09 00:12
→ leondemon:CCD camera方式的確是聰明許多 10/09 00:12
→ leondemon:果然還是需要討論才知道自己哪裡理解錯誤 謝謝大家啦～ 10/09 00:13
→ leondemon:簡單來說 那個特殊核甘酸應該是把螢光劑接在3'端 10/09 00:35
→ leondemon:可終止elongation 但是用特殊方法移除後 又可添加1 nt 10/09 00:35
→ leondemon:這樣講應該對吧！？ 10/09 00:36
推 sGoat:papper裡面有提到polymerase以及dye terminator nucleotide 10/09 09:14
→ sGoat:所以應該是neuclotide會使polymerase只抓到它一個之後就做 10/09 09:15
→ sGoat:不下去,然後polymerase應該是去除一個subunit使其結合不穩定 10/09 09:16
→ sGoat:容易脫離template,而neuclotide也有可能是以抗體的方式 10/09 09:18
→ sGoat:與dye做結合,因此才會有後續的strip可以將螢光去除,又不會 10/09 09:19
→ sGoat:把neuclotide拔掉,以方便進行second round... 10/09 09:21
→ sGoat:不過以上都是推測,因為我沒有信用卡可以看那兩篇文章XD 10/09 09:22