推 enisx:我認為把整個序列放到Emeditor,接著把要的部分片段搜尋即得! 03/24 20:46
推 hangzer:這應該是最好的方法了 除非有水稻基因promoter的Database 03/24 21:07
12634 篇有回應
關於調取水稻基因的方法
後來我有寄信給原 po
說明整個調取過程
但是我一直覺得這是個笨方法耶 XD
因為本身不是做這個的,
只是曾經有興趣亂按亂按摸出一點心得
不知道有沒有高手提供更好的建議?
可以更快更簡潔調到自己想到的片段 Q Q
以下是我的方法~
先至 NCBI 找出基因
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/9271397
裡面有一項 mRNA and Protein(s)
看下面那行~
NM_001185723.1 → NP_001172652.1 Os01g0847800 [Oryza sativa Japonica Group]
其中 NP_001172652.1 這項可以連結到他的序列
就按進去會出現 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/NP_001172652.1
最下面有顯示胺基酸的序列
但你要點的是上面的 CDS
CDS 點進去後最下方會有核酸序列出現
把這段核酸序列複製起來
貼到下面網址的 nucleotide blast 中做比對
http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
nucleotide blast 一點進去裡面會有大框框
序列要貼在裡面,
中間有 Choose Search Set , 原本有預設 Human genomic + transcript
把它改成後面的 other
最後左下角有 BLAST 按下去就會開始比對
接下來會看到一項
Query 1 ATGGCCACCCACTTCACGCTCAACACCGGAGCACGCATCCCCTCGGTGGGCCTCGGCACC 60
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 63375 ATGGCCACCCACTTCACGCTCAACACCGGAGCACGCATCCCCTCGGTGGGCCTCGGCACC 63434
Query 61 TACAAGGCCGGCACCGGCGTCGTCGCCGACGTGGTCTCCGCCGCCGTCAAGG 112
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 63435 TACAAGGCCGGCACCGGCGTCGTCGCCGACGTGGTCTCCGCCGCCGTCAAGG 63486
1~112 是你剛輸入的序列
63375~63486 是此基因在染色體上的位子
上面有一項 dbj|AP004127.1 點進去
出現 Oryza sativa Japonica Group genomic DNA, chromosome 1, clone:P0005H10
你就知道剛剛你搜尋的基因位於水稻染色體上第一條
畫面最下方會有這條染色體的序列
而且有標示位子 你就把 63375~63486 之前的序列找出來就行了~
※ 編輯: ganbaol 來自: 120.126.57.51 (03/24 18:38)