Re: [討論] 關於housekeeping gene

[pocession (阿宗)]

※ 引述《DJHINN (dj)》之銘言：
: 最近開始著手操作 real-time PCR
: 首先就利用 Actin primer pairs 這個 housekeeping gene 練練手
: 順便計算其 amplication efficiency
: 但是我發現
: 僅加水的對照組，卻也跑出相同的產物
: 於是第二次我就將所有東西都換新的
: 包括 1. real time PCR Mix solution
:      2. 新的稀釋過的 primer
:      3. 新分裝過的水
: 結果第二次結果...水仍然跑出產物
: 而且我將結果拿去跑電泳，水的對照組可以看到清楚的條帶 (同產物)
: 因為我們實驗室主要的材料對象是昆蟲，也常常會在冰桶上做研磨的動作
: 昆蟲有時也會飛出....
: 這樣有可能會到處汙染嗎?  由其是 housekeeping gene 這種超靈敏的 gene
: 不知道是否有前輩有遇過這樣的問題?
: 目前: 我重新將血清瓶洗滌過後，滅了新的 二次水
: 等一下會用一般PCR測試看看到底問題是不是出現在水上面...
會 這會到處污染
通常污染源是來自於放大後的產物，檢體中的量少，通常一般清潔方法就可以去除，
不太會累積

我覺得重點在跑電泳確認這個步驟，跑完後要確實去污

基本上電泳的器具和區域要和實驗完全隔離
且所有接觸到產物的器具使用完後要以1% 漂白水泡30分鐘再沖洗

另外，最好重訂所有藥品
然後確認藥品乾淨再做實驗，
重訂的藥品送來的時候先借別人的冰箱放

確認藥品可用，
先找認識的人借個乾淨的區域 (就是沒有操作類似檢體的地方)
在一天的開始 (就是身上還很乾淨沒有沾到產物的時候)
用PCR REAGENT裡面附的水配製，回溶所有藥品，
接著空跑幾個反應，確認有無產物，沒有的話這批藥品就可以使用

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◆ From: 118.231.72.155
※ 編輯: pocession       來自: 118.231.72.155       (06/14 23:57)
推 DJHINN:謝謝大大詳盡的回答....這方面我會再多注意
推 elderbear:不知道你們實驗室再處理某些含DNA廢棄物(用過的plate等)
→ elderbear:是用專用的autoclave?還是共用autoclave??
→ elderbear:我也有過類似的經驗,後來才發現autoclave處理後DNA
→ elderbear:degrade成碎片的大小 通常還是比real-time PCR產物大
→ elderbear:所以所用用那台autoclave出來的水或容器都會被汙染
→ elderbear:這方面是有文獻可參閱,不知有無幫助~?
推 DJHINN:是共用..autoclave... 不知道可否跟樓上要這篇文獻
推 elderbear:我看過沒留了,已經畢業很久了...印象中主要的paper是考
→ elderbear:古相關,化石上殘留DNA要用漂白水才能完全做不出來之類的
→ elderbear:關於autoclave比較仔細的,是老闆幫我從外國學校的論壇找
→ elderbear:到相關討論跟解決辦法,用來安慰我不是我的錯的(汗)
推 DJHINN:老闆人真好!!
→ ggwha:記得有DNAlookout  DNAZap這類贈品..