[討論] 請問shRNA lentiviral infected cell選擇

[Phaeton (凰呀的鳴叫~)]

先前從中研院RNAi Core 買了五種不同target A sequence的 shRNA
之後感染到細胞 以western 證明其中三個可以 抑制A蛋白合成
接著再以分化培養基 培養此細胞
想了解A蛋白對細胞分化的影響
結果只有一種 shRNA可以抑制細胞分化

可是我覺得應該是抑制的三種shRNA都會影響到細胞分化
這邊有點讓我困惑

我有以NCBI BLAST去看是否shRNA有影響到此分化路徑上的重要蛋白
可是似乎是沒有

所以 想請教是否有相關文章 或是想法可以提供一下

謝謝


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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) 
◆ From: 120.126.35.154
推 Realthugz:唯一抑制那個knockdown效果是最好的嗎? 有沒有相關性?
→ Phaeton:三個抑制蛋白的效果大約在80%
→ Phaeton:所以若從蛋白被抑制量來看 可能沒辦法和細胞分化扯上關係
→ Phaeton:現在打算先壓壓看上下遊幾個關鍵蛋白的量 再來想這問題@@
推 datro:microRNA effect?
推 aceliang:樓上是指ceRNA?
推 icome:悲觀想法 可能只是off target effect
→ Phaeton:OFF TARGET 是有可能沒錯 不過NCBI BLAST那看是可能性不高
推 ararthur:分化前後的細胞其實性質不完全一樣 所以有些KD效果也會改
→ ararthur:變 可以分化的細胞是不是WB一樣有KD效果呢?
推 lovenainai:三個只有一個有 phenotype 就是 off target effect
→ Phaeton:可以分化的細胞 蛋白表現量正常 樓上說的沒錯 只是也不完
→ Phaeton:全是那樣