作者g010377 ()
看板Biotech
標題[求救] promoter cloning
時間Tue Nov 29 23:02:22 2011
最近clone出一個rat gene promoter(-1800~+154)
promoter的activity沒有顯著的差異
跟老闆討論後 希望能夠加長promoter的長度(約-3000bp左右)
但我找了一下rat genomic DNA
發現genomic DNA sequence有兩種:
NC_005102.2 Reference assembly (based on RGSC_v3.4)
AC_000071.1 Alternate assembly (Rn_Celera)
這兩種sequence只有從-1900開始的downstream是一致的
-1900開始的upstream的sequence有蠻大的差異
請問一下版友們有遇過這種狀況嗎?
我該怎麼辦?該相信哪一個?
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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)
◆ From: 219.80.238.185
推 Ianthegood:primer都訂起來都匹匹看囉XD 11/29 23:05
推 leoblack:2個都做啊~既是好的比較~又可以1個實驗2個data篇幅 11/29 23:15
→ g010377:忘了說 除了序列差異大之外 第一個序列還有一堆NNN 11/29 23:50
→ g010377:讓我不知道該如何是好= = 11/29 23:50
推 aggaci:有些promoter assay用的序列會包括transcriptional start 11/30 00:28
→ aggaci:site之後也就是+1之後的一部份序列，原因是可能有enhancer 11/30 00:28