[求救] NCBI和UCSC的差異

[karlin (利傑)]

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以方便板友幫您追蹤問題

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各位好：

我利用UCSC查詢promoter sequence

因為UCSC可以直接從promoter -1000或別的數字開始給你sequence

所以一直用得好好的～


但最近突然有點疑惑到+1位置是否從UCSC的exon開始算

所以利用NCBI的nucleotide來比對,卻發現詭異的事情

從NCBI查的mRNA的序列居然比UCSC exon少50 base

查了書後我對於transcription認知如下

=========================================  genome
      +1

       ==================================  pre-mature RNA
       (        )(   )     ()      (     )
       non-coding                 non-coding
         exon    exon1    exon2       exon


       ======================  spliced RNA
       (        )(   )()(    )


所以我把UCSC上用大寫表示的exon開始算為non-coding exon,也就是+1位置,

拿來和NCBI的mRNA一開始的序列（UTR位置）比較

但一直搞不懂為什麼NCBI就是少了50bp  ><


我還從NCBI裡直接連到UCSC,但就和我原本用的就是一樣的來源


請各位是否可為我解惑，感激不盡

這困擾我好久了.......



話說我查到的sequence又和1990的paper位置又不一樣...

這又是怎麼回事＠口＠？






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◆ From: 140.112.24.116
推 jabari:ncbi, 你手邊1990的paper 有沒有cite在序列的資料裡.
→ jabari:ucsc跟ncbi資料庫其實不完全相對, 再加上ensembl就更複雜了
→ jabari:建議1. 抓1990paper給的序列, 2. 都抓下來自己align @_@"
→ karlin:謝謝樓上,但1990那篇paper並沒有我要的長度orz..
→ karlin:而且其實NCBI我不會查promoter sequence
→ karlin:所以我才一直用UCSC用得很開心:p
→ karlin:那篇paper只有說某factor binding site位置,和我標的不同><
→ karlin:所以mRNA的第一個nt可以算是+1位置嗎？<=我是這樣算才不同
→ Ice9:UCSC 上有很多種送上去或註解的 mRNA。你要比對accession #是
→ Ice9:否相同，很多都是 5' 没讀完就馬上送上網路。另外，ensembl也
→ Ice9:有人性化可供目視判讀的基因結構，和 UCSC 差不多。