[討論] protein marker與膠的percentage

[yllai1029 (Hikaru)]

今天和實驗室學姐閒聊時

討論到marker是否會因SDS-PAGE的percentage不同

而會使marker所標示的分子量大小與datasheet有所差異

我認為是不會有影響

比如說我們家用的maker上頭標示是Tris-Glycine 4-20%

如下網址所示

http://www.genedirex.com/?p=462

我認為廠商所賣的marker如果會依膠的percentage不同

而會使得marker大小有所差異

那他就不應該賣這樣商品啊( ‵□′)───C＜─___-)|||

但我後來在網路上搜尋到

有人說"Prestain protein marker 在不同濃度的SDS-PAGE中可能代表不同的大小"

如下網址

http://vipweb20.vipcase.net/html/front/bin/ptlist.phtml?Category=151455

害我又開始懷疑自己的想法是否是真的

因為有時候明明蛋白是80kDa 留75kDa以上卻把band給剪掉的事情也是有發生過

(且之前之前用其它家marker留72kDa以上東西又沒被剪掉 所以蛋白預測大小應該無誤)

不曉得大家的想法如何呢??

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世界は美しくなんかない。そしてそれ故に、美しい。

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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)
◆ From: 114.36.55.152
推 FireHell:4-20%是梯度膠的意思吧......
推 tsubasawolfy:是buffer不同才會造成顯著差異吧？
→ yllai1029:我回1F:我以為是說4到20%的膠都適用 所以是我誤會了?
→ yllai1029:且那兩支marker的data sheet都是寫4-20%Tris-glycine
→ APPswe:F大 您誤會了 請看網址中"Q：Protein marker常見問題"部分
推 FireHell:回樓上，請問我誤會的點是@@? (你說的我有看過了，認同)
推 FireHell:回原PO，我記得那個圖確實是梯度膠的意思
推 FireHell:不可能4%還可以把11和17分開
→ yllai1029:了解 但不管我以多少%gel去跑 每一條marker的大小應該
→ yllai1029:不會有變是嗎?
我又找到一個marker的參考圖

看起來是在同一種buffer中marker大小不變

但buffer不同時就會有變化 不知道這樣的解讀對不對?

http://www.fermentas.com/en/products/all/SM067  (參見Figure1)
※ 編輯: yllai1029       來自: 114.36.55.152        (05/10 23:35)
推 FireHell:我想應該以你買的MAKER的廠商為準
推 FireHell:通常切膠的時候不會剛好只切1個區間(正負0.5區間)
→ FireHell:我會切三個區間(正負1.5區間) 不知道這樣寫看不看的懂 @@
→ FireHell:簡單的說就是切大條一點才安全
→ yllai1029:所以意思是f大你應該也不會完全相信marker及抗體
→ yllai1029:而會抓比較大的range是吧
→ yllai1029:其實會切小通常是想跑一次就盡量把所有要看的東西都看
→ yllai1029:齊啦 只是有時候換別家marker總會遇到些意外0.0
→ chench0710:而且有時候同一種蛋白質在不同細胞中
→ chench0710:會有不同的形態,大小也會不一樣
推 FireHell:沒錯，我通常一片只會看3個PROTEIN，最多看到4個
推 tsubasawolfy:MOP專跑中分子量 MES專跑低分子量 Acetate是高分子量
→ tsubasawolfy:配合適當的buffer可以拿到較準確的位置 如果又考量到
→ tsubasawolfy:PTM情況分子量當然會有變動 SDS或LDS出來效果也有差
→ tsubasawolfy:不能就單一膠體濃度來評論是否會影響到PROTEIN位置
→ tsubasawolfy:而且在裁的時候失之毫里差之千里 歪個幾mm就差很多
→ tsubasawolfy:與其去計較為何一片膠可以切多細看多少不如多保留一
→ tsubasawolfy:點避免憾事發生 反正一樣都要三重覆ˊ_>ˋ 跑幾次又
→ tsubasawolfy:沒差(SMAPLE珍貴就算了XD
推 martyrtitan:先跑一片完整的確認位置後 以後再裁切
推 qiet:會不會是跟他們用來pre-stain的dye有關? 才會造成不同buffer
→ qiet:中MW會有些許的不同
推 tsubasawolfy:不同顏色的dye是會有差 拿去當marker的蛋白每家也不
→ tsubasawolfy:一樣 buffer不同造成位置不同是鹽類跟pH值的關係