[討論] RNA沉澱的方法???

[shenhsu (軒)]

實驗室抽取RNA通常是使用pine tree法

Phenol/Chloroform wash後取上清液

加入sample 1/4體積的10M LiCl (最終濃度2M) 在4度C沉降overnight

處理DNase之後加入其stop solution並加熱 就直接進行RT-PCR (不clearn up)

----------------------------------------------------------------------------

然而這次實驗室打算送樣進行microarry

按照廠商protocol的話 處理完DNase需要以Phenol/Chloroform 去除DNase

之後500ul sample加入 60ul 3M Sodium acetate (pH=5.2)
                      1ul Glycogen (5mg/ml)
                      1mL ice-cold 100% EtOH  並在-80度C沉降overnight


因為實驗室沒有Glycogen....想請問用這2種方式沉降RNA有什麼差別嗎???


另外因為時間安排上有點趕...

如果處理完DNase再以Phenol/Chloroform wash後

用沉降DNA的方式沉澱幾個鐘頭 (isopropanol 或 NaCl & EtOH)

會有什麼影響嗎?

謝謝

--
※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) 
◆ From: 140.115.48.144
→ huuban:超過 2ug 可以不加 glycogen
→ huuban:-20 o/n 或是 -80 半小時，之前看板上說-80不要放太久
→ huuban:這樣不會很久啊，可以照原protocol做沒有問題吧:)
推 giinii:我們實驗室用方法2,不加glycogen也ok!但是我們都是-20 O/N
→ shenhsu:感謝! 最後為了省時間 嘗試用isopropanol+NaCl -80 1hr
→ shenhsu:好像也沉澱的出來沒啥差別 可能我們量都滿高的所以沒差XD