→ jsi:網頁裡寫frequency: per thousand,分母不是只有這兩個codon 11/06 15:52
推 jsi:網路上有許多免費codon optimization program/tool可使用 11/06 16:06
→ hsjrio:我是要做斑馬魚,但找了幾個軟體好像都沒有斑馬魚的database 11/06 16:41
→ hsjrio:感謝J大指教~ 11/08 12:05
我們想將一個昆蟲的基因送到脊椎動物的細胞中表現
初步測試的結果效率不佳
老闆說跨物種的話可能會有codon 使用的偏好性
所以要做codon optimization
我在NCBI的Codon Usage Database中找出脊椎動物的Codon Usage 列表
然後再根據每個胺基酸其對應的codon偏好,按照比例(例如:GAU 用的多 GAC用得少)
將昆蟲的基因換成脊椎動物偏好的codon
最後再拿去作全基因合成
http://www.kazusa.or.jp/codon/cgi-bin/showcodon.cgi?species=7955
假設
UUU 18.2 (146007)
UUC 20.8 (166990)
中間是頻率,最後括弧的部分是樣本數
我目前的作法是把昆蟲會轉譯成Phe的序列都找出來
然後根據上面的數據把codon換成大約一比一的比例
另外請教為什麼兩個加起來不會等於100%???
想請教各位這樣的做法行的通嗎
還是有更好的方法可以做
感謝^^X
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